Через некоторое время в конструкцию корабля ввели бак, что увеличило высоту тщательно разработанной декоративной кормовой надстройки. Из-за этого, а также из-за небольшой осадки, более поздние галеоны стали довольно неустойчивыми и громоздкими. В зависимости от водоизмещения галеоны строились с числом палуб от двух до семи. Борт судна от киля к грузовой ватерлинии имел большой развал, а к верхней палубе — завал. Тем самым увеличивалась грузоподъёмность, затруднялся переход с судна на судно во время абордажа, смягчалась сила удара волн о борт, поскольку волна отражалась вверх и корпус не испытывал её прямого удара, и, наконец, повышалась остойчивость, так как орудия перемещались ближе к диаметральной плоскости судна и тем самым уменьшался кренящий момент.

Среди недостатков галеона следует отметить низкую скорость, трудность управления и неспособность идти прямо против ветра или крутым бейдевиндом. Эти корабли были более медленны и неповоротливы, чем бригантины и шлюпы, используемые врагами Испании, но зато несли чрезвычайно мощное артиллерийское вооружение. Большие размеры галеона и наличие тяжёлых пушек делали довольно трудной прямую атаку на него. Мало кому из морских разбойников посчастливилось захватить подобный корабль.

На вооружении ранних галеонов имелось до 30 орудий калибра от 3-фунтовых (6 см) до 50-фунтовых (19 см) и значительное количество (до 100) переносных мушкетонов для стрельбы через бойницы с галереи кормовой надстройки и верхних этажей носовой надстройки. Именно на галеоне впервые орудия были установлены и над, и под главной палубой, что привело к появлению батарейных палуб: орудия стояли по бортам и стреляли через порты. На поздних галеонах количество артиллерии было увеличено до 50–80 орудий. Сконцентрированная бортовая батарея давала возможность направить мощный залп по неприятелю.

Испанцы использовали тяжеловооружённые галеоны для перевозки больших грузов на дальние расстояния. Каждый год один или два манильских галеона перевозили ценные товары с Филиппин в Акапулько. Ежегодно Казначейский флот вывозил перуанские и мексиканские ценности из Карибского моря в Испанию. Во главе конвоя шёл галеон-«капитано», который вёл всю группу, а замыкал строй кораблей, галеон-«альмиранте», защищавший конвой с тыла.

В Карибском море флот разделялся на несколько отдельных групп. Одни корабли шли в Портобельо и Картахену, чтобы принять на борт золото и серебро из Перу, Эквадора, Венесуэлы и Колумбии. Другие шли в Гавану за медью, третьи — за грузом индиго в Трухильо. Местом сбора всего флота служила Гавана. К июлю сюда со всех карибских портов стекались тяжелогружёные корабли. Здесь они вновь выстраивались в боевой порядок и, предводительствуемые галеоном-«капитано», брали курс на Испанию. По традиции, драгоценные металлы грузились только на большие и хорошо вооружённые галеоны; более мелкие торговые суда несли на борту грузы менее ценные.

В то лето 1622 года всё было так же, как и всегда. Испанский флот благополучно пересёк океан и разделился на несколько отрядов. Семь галеонов, охранявших конвой, включая «Санта-Маргариту», остались в Порто-Доминго (о. Гаити). Другой отряд, во главе с «Нуэстра Сеньора де Аточа», отправился к Панамскому перешейку и 24 мая бросил якорь в гавани Портобельо. Шестнадцать меньших судов разошлись на погрузку в различные карибские порты, а третий отряд галеонов двинулся к Картахене (Колумбия). Здесь корабли приняли на борт большой груз золота и серебра и 21 июля встретились со вторым отрядом в Портобельо. 27 июля галеоны подняли якоря и взяли курс на Кубу. К 22 августа вся флотилия собралась в Гаванском порту. Сюда же от берегов Мексики пришёл так называемый «флот Новой Испании», доставивший в Гавану груз мексиканского серебра.

Испанские адмиралы были встревожены: до Гаваны дошли слухи о том, что в водах Карибского моря появился большой голландский флот.