«Флот Новой Испании» ушёл, а маркиз Кардерейта остался в Гаване, дожидаясь прихода последних судов. Вскоре вся флотилия была налицо, и утром 4 сентября 28 тяжелогружёных кораблей выстроились на гаванском рейде, готовясь отправиться в далёкое и опасное плавание. Маркиз Кардерейта поднял свой флаг на ведущем судне, галеоне-«капитано» «Нуэстра Сеньора Канделария». Основная часть мексиканского серебра и золота была погружена на галеоны «Санта-Маргарита» и «Нуэстра Сеньора де Аточа». Вооружённая 20 огромными бронзовыми пушками «Аточа» шла в качестве замыкающего — галеона-«альмиранте», следуя в хвосте медлительных торговых судов.

На следующий день, 5 сентября, погода заметно испортилась, небо затянули низкие тучи. К середине дня разыгрался настоящий шторм. По морю катились огромные валы. Марсовые сквозь пелену дождя с трудом могли разглядеть впереди идущие корабли. Волны бросали неповоротливые галеоны из стороны в сторону, как щепки. На глазах у всей команды и пассажиров «Аточи» идущий впереди «Нуэстра Сеньора де Консолясьон» неожиданно опрокинулся и исчез в морской пучине…

Ночью ветер переменил направление и отнёс испанский флот на север, к берегам Флориды. Перед рассветом «Канделария» и 20 других судов конвоя прошли мимо западного побережья островов Драй-Тортугас. Четыре корабля, оторвавшиеся от основной группы, включая «Аточу» и «Санта-Маргариту», буря забросила восточнее, к цепочке островов Флорида-Кис. Рассвет застал их у какого-то низкого кораллового атолла, заросшего мангровыми деревьями. Огромные волны 5-метровой высоты, как игрушку, перебросили «Санта-Маргариту» через коралловый риф. С борта «Маргариты» капитан дон Бернардино Луго с бессильным отчаянием наблюдал, как команда «Аточи» борется за спасение корабля. Моряки бросили якорь, надеясь зацепиться за риф, однако огромная волна неожиданно приподняла корабль и со всего маху бросила его прямо на риф. Раздался ужасающий треск, рухнула грот-мачта. В этот же момент другая волна легко сняла полуразбитый корабль с рифа и понесла его на глубину. Вода хлынула в огромные пробоины, и «Аточа» в мгновение ока пошла ко дну. С борта «Маргариты» было видно, как три испанских моряка и два чёрных раба, судорожно вцепившись в болтающийся на волнах обломок грот-мачты, пытаются вырваться из объятий смерти… Их подобрало только наутро следующего дня судно «Санта-Крус». Ураган, разметавший испанский флот, причинил немало бед: 8 из 28 кораблей трансатлантического конвоя пошли на дно, погибло 550 человек, потерян бесценный груз на сумму более двух миллионов песо. Для сравнения отметим, что за весь период 1503–1660 годов Испания вывезла из Америки драгоценных металлов на сумму 448 миллионов песо, то есть около 2,8 млн. песо в год. Таким образом, речь шла о потере почти всего годового дохода королевства!

Уцелевшие корабли поспешили вернуться в Гавану. Когда волнение на море утихло, маркиз Кардерейта отправил капитана Гаспара Варгаса с пятью кораблями на спасение «Аточи» и «Санта-Маргариты». «Аточа» была найдена быстро: галеон затонул на глубине 55 футов, и её бизань-мачта всё ещё торчала из воды. С затонувшего корабля испанцы сумели снять только две маленьких железных пушки, стоявшие на верхней палубе. Могучие бронзовые орудия остались на батарейной палубе. Орудийные порты были закрыты, а сами пушки прочно закреплены в предвидении шторма… От «Санта-Маргариты» вообще не осталось никаких следов.