К тому времени стало ясно, что любое советское вмешательство, прямое или косвенное, крайне маловероятно. Как мы помним, в 1957 г. был арестован лидер советских корейцев и активный участник августовских событий Пак Чхан ок. Осенью 1958 г. последовали новые аресты советских корейцев. Среди первых жертв были бывший глава штаба северокорейского военно морского флота Ким Чхиль сон, еще один высокопоставленный офицер Ким Вон гиль и Пак Ый ван, хорошо известный своей прямотой вице премьер, столь упорно отказывавшийся выступать с «самокритикой» во время пленума ЦК . Как мы помним, к тому времени официально считалось, что Пак Ый ван был одним из руководителей августовского заговора (что, скорее всего, не соответствовало действительности). В 1959 г. аресты и «идеологические проверки» советских корейцев стали обычным делом. Люди исчезали один за другим. Одних арестовывали, других снимали с постов и ссылали в сельскую местность в кооперативы и шахты на «перевоспитание» или же в лучшем случае переводили на низшие должности. По оценкам самих советских корейцев, по меньшей мере 45 высокопоставленных партийных работников из советской группировки (то есть приблизительно четверть ее изначальной численности) подверглись репрессиям и погибли в конце 1950 х и начале 1960 х гг.

Советское посольство обычно не оказывало поддержки советским корейцам, хотя в случае с менее значительными фигурами советское гражданство само по себе давало некоторую защиту . Когда советские корейцы обращались за разрешением вернуться в СССР, такое разрешение им давалось, но по своей инициативе посольство не вмешивалось в происходящее и не предпринимало целенаправленных попыток спасти тех, кто мог стать жертвой чисток (во всяком случае, сегодня о таких попытках нам ничего неизвестно). Единственным исключением представляются деятельность В. П. Ткаченко, будущего зав. корейским сектором ЦК КПСС, а тогда – молодого дипломата, благодаря решительным действиям которого был спасен не один человек. По меньшей мере в одном случае энергично действовал и аппарат советского военного атташе, организовав выезд из страны Пак Киль нама, бывшего советского офицера (речь об этом любопытном эпизоде пойдет ниже). Однако такие акции были исключением и скорее отражали личную позицию дипломатов и офицеров, а не официальную политическую линию Москвы. В целом же посольство пассивно наблюдало за происходившей стране расправой над советскими корейцами .

Нарастающее ухудшение советско корейских отношений и усиление чисток означало, что связи с СССР перестали быть основой привилегированного статуса советских корейцев. Напротив, в новой ситуации контакты с СССР стали потенциально опасными. В середине 1959 г. потерял работу и подвергся унизительно разгромной «критике» Ю Сон хун, советский кореец и бывший ректор университета Ким Ир Сена. Его, в частности, обвиняли в сознательном насаждении в университете советских традиций . В МВД приблизительно в то же время высшие чиновники советско корейского происхождения тоже стали жертвами хорошо отрежессированной критической кампании. У одного из них даже поинтересовались, «чьи интересы он защищает – компартии Советского Союза или ТПК?» До 1957 г. такой вопрос был бы невозможным, так как официально считалось, что интересы «братских партий» не могут различаться по определению .

Некоторые советские корейцы, особенно находившиеся на службе в вооруженных силах и полиции, попали в список тех заговорщиков, которые в 1956 г. якобы планировали военный переворот. Как уж упоминалось, это обвинение было, по всей вероятности, беспочвенным, однако после декабрьского (1957) Пленума оно стало занимать все более заметное место в официальной северокорейской риторике.