Общее число монастырей в старых европейских губерниях страны, в Сибири и на Дальнем Востоке практически перестало расти, а численность насельников в этих монастырях даже начала сокращаться. Одной из основных причин было то, что во времена графа Салуццо государство резко сократило поддержку монастырей и даже провело частичную секуляризацию церковных земель. И хотя при Федоре III эта поддержка была восстановлена, но не везде, и далеко не в полном объеме. Наиболее активно государство вкладывалось в развитие церкви только на вновь присоединенных землях. В старых же губерниях, как считал царь, церковь должна была зарабатывать своим авторитетом. Причем подобная позиция государя имела полную поддержку Вселенского патриарха Якова, огласившего в своем «Послании к несущим Слово», что церковь держится любовью прихожан и их радением. А ежели она не способна вовлечь своих прихожан в духовную жизнь, стать для них необходимой, важной и насущной, то есть такой, какую они будут поддерживать и без любого принуждения да государева радения — то такая церковь и не нужна никому.

Вообще, авторитет патриарха и Великого Синода за время служения Якова Святого поднялся на небывалую высоту. В стране установилось едва ли не подобие двоевластия, когда царь правил в Москве, а патриарх — в Константинополе. Впрочем, именно подобие. Вселенский патриарх Яков до самой своей кончины в 1754 году оставался не только верным другом своего воспитанника, но и его верным слугой.

Кстати, именно в это время произошло окончательное оформление структуры мировой православной церкви. Главой всех право-славных мира и Великого Синода снова утвердился Вселенский патриарх, чей престол располагался в Царьграде. Самым же влиятельным, несмотря на формально последнее старшинство, стал Московский патриарх, который, однако, всегда полностью поддерживал Царьградского. Ну еще бы, по негласному, но неукоснительно соблюдаемому правилу во Вселенские патриархи теперь мог быть интронизирован только тот, кто хотя бы некоторое время служил в лоне церкви Московского патриархата, либо просто выходец из нее.

При Якове Святом был нанесен сильнейший удар по папству благодаря серии публикаций, начатой трактатом Лоренца де ла Валла «О даре Константина». На этом даре в основной своей части и основывался примат власти пап. Константин Великий при крещении его папой Сильвестром и вместе с тем при исцелении от слепоты, которою он был поражен перед этим, будто бы подарил папе знаки императорского достоинства, Латеранский дворец, город Рим, Италию и все западные страны. Свою же резиденцию первый христианский император Рима перенес в восточные страны как раз на основании того, что главе империи не подобает жительствовать там, где пребывает глава религии. Наконец он предоставил римскому папе главенство как над четырьмя кафедрами — Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской и Константинопольской, так и над всеми христианскими церквами во всей вселенной.

В своем же сочинении Валла в строгом соответствии с правилами логики доказал недостоверность «Константинова дара», во-первых, самого факта дарения и во-вторых, документа — источника, на котором факт основан. Он указал на молчание об этом факте всех историков, на отсутствие нумизматических подтверждений, на психологическую невозможность такого отказа, на его юридическую незаконность, наконец, на то, что папа в соответствии со Священным Писанием с его идеалом нестяжательства был обязан отказаться от этого дара, даже если бы он был сделан. Ну и разобрал сам документ с точки зрения филологии, истории, географии и так далее, указывая на его нелепости, на неправильный, «варварский» латинский язык документа и т. д.

Валла написал свой трактат еще в 1440 году, а впервые он был опубликован в 1517 году Ульрихом фон Гуттеном, но широко не публиковался. А в католических странах он вообще был практически вне закона. Яков же Святой повелел опубликовать этот трактат на испанском, итальянском, польском, немецком, венгерском и французском языках огромным тиражом в три миллиона экземпляров и просто раскладывать на скамьях, парапетах, ступенях лестниц припортовых и иных городов, в которых появлялись распространители.