Принимая решение о вводе войск в Афганистан, кремлевское руководство было уверено в том, что ни руководство среднеазиатских республик, ни тамошнее население не станет чинить этому препятствия или выражать какое-либо недовольство. Об этом же телеграфировал в США и американский посол в СССР Тун. Цитирую:

«Во время частных в последние месяцы поездок сотрудников посольства в советскую Среднюю Азию было обнаружено мало признаков недовольства. Среднеазиатские республики под советским руководством достигли значительного социального и экономического прогресса и имеют значительно более высокий жизненный уровень, чем соседние районы Афганистана…»

Поставленный перед фактом ввода советских войск в Афганистан, Рашидов и все узбекское руководство (как и руководство Таджикистана во главе с Джабаром Расуловым и Туркмении во главе с Мухамедназаром Гапуровым) вынуждено было впрягаться в эту проблему с головой. На территории Узбекистана еще летом был сформирован «мусульманский батальон» (отряд особого назначения ГРУ Генштаба) под командованием майора X. Халбаева, который одним из первых вступил в действие — в первой декаде декабря он был передислоцирован в Баграм для охраны важных объектов.

Главным аванпостом Советского Союза в войне с Афганистаном суждено было стать узбекскому городу Термезу, что в Сурхандарьинской области. Именно оттуда 25 декабря в 15.00 по московскому времени начала переправу по понтонному мосту через Амударью и марш на Кабул 108-я мотострелковая дивизия Туркестанского военного округа (командующий Ю. Максимов), дислоцированная в Термезе. Одновременно с этим еще одна мотострелковая дивизия (5-я), но уже из Среднеазиатского военного округа, двинулась из Кушки (Туркмения), а по воздуху советско-афганскую границу пересекли самолеты военно-транспортной авиации с личным составом и боевой техникой 103-й воздушно-десантной дивизии, которая посадочным способом десантировалась на аэродром Кабула и Баграма. За 47 часов было совершено 343 самолеторейса. В оба города было доставлено 7700 человек, 894 единицы боевой техники и 1062 тонны различных грузов. Командующим 40-й армией, действующей в Афганистане, был назначен 1-й заместитель командующего Туркестанским военным округом (его управление располагалось в Ташкенте) генерал-лейтенант Ю. Тухаринов.

Первой акцией, которую осуществили советские войска стала операция 27 декабря под кодовым названием «Шторм-333» — штурм дворца Тадж-Бек, где находился Амин, и его последующее убийство (в операции были задействованы «мусульманский батальон», усиленный десантной ротой 345-го полка, спецгруппы КГБ «Гром» и «Зенит»). После этого власть в стране перешла к Бабраку Кармалю.

Первые потери в ходе афганской операции советские войска понесли практически с первого же дня. К1 января 1980 года (то есть за шесть дней операции) потери составили 89 человек, из которых 10 были офицерами (большинство из них погибли не в бою, а в самолете, рухнувшем на подлете к Кабулу). Вначале погибших вывозили в Ташкент (первый рейс сделал на АН-12 подполковник Александр Войтов). Эти перевозки были названы «груз 200», а потом прижилось другое — «черный тюльпан». В столице Узбекистана было похоронное бюро с таким названием, и кто-то, улетающий в Афганистан, перенес его на «пункты сбора и отправки тел погибшего личного состава» (так официально именовались морги).

Как известно афганская война продлится чуть больше девяти лет (до февраля 1989 года). Она унесет жизни 13 833 советских солдат и офицеров, среди которых русских было 6879 человек, украинцев — 2374, узбеков — 1067, белорусов — 611, казахов — 361, туркмен — 281, таджиков — 237, молдаван — 195, азербайджанцев — 195, киргизов — 102, армян — 98, грузин — 81, литовцев — 57, латышей — 23, эстонцев — 15.