С помощью последовательной политики подчинения Москве князей Северо-Восточной и Юго-Западной Руси, их включения в состав Боярской думы великокняжеская власть успешно, хотя и не без осторожности, вела борьбу с пережитками феодальной раздробленности. Происходил, по наблюдениям Александра Александровича, процесс трансформации титулованной аристократии из полусамостоятельных правителей в советников великого князя всея Руси. Из представителей, обломков княжеских и боярских фамилий, вышедших из земель эпохи феодальной раздробленности, которые влились в состав Русского государства, складывалось постепенно феодально-аристократическое сословие. Этот процесс предвещал появление в середине XVI в. сословно-представительной монархии в России.

Здесь же Зимин выявляет наличие и упадок удельных Боярских дум — тверской, дмитровской, угличской, волоколамской, вологодской, ростовской, старицкой и др., которые «были в своем роде миниатюрной копией московской». Родство и свойство удельных бояр с московскими (как и удельных князей с великим князем всея Руси) способствовали ослаблению позиций удельных правителей, безболезненному падению самой удельной системы.

Остроумно и убедительно опровергает Зимин традицию, идущую от Григория Котошихина, согласно которой московские бояре — это некая безликая масса людей бесталанных, бездарных, сидящих в Думе, «брады уставя» и никакого дела не разумея. Он с полным правом выделяет из их среды выдающихся военачальников — «удалого воеводу» Ф. В. Басенка (победы над Дмитрием Шемякой в годы его борьбы с Василием II Темным), кн. Д. Д. Холмского (новгородские походы 1470-х годов, победа над Ахмед-ханом в 1480 г. на р. Угре, взятие Казани 1487 г.), кн. Д. В. Щеню из Гедиминовичей (блестящие победы 1500 г. под Ведрошей над литовцами, под Гельмедом над Ливонским орденом, взятие Смоленска в 1514 г. И др.) и т. д. Далее идут выдающиеся администраторы — из Шуйских, Ростовских, Горбатых, Захарьиных; дипломаты — Ф. И. Карпов, Ю. Д. Траханиот, Д. В. Ховрин и др.

Очень интересна у Зимина и характеристика местничества, порядка назначения на должности. Разбирая имеющиеся известия источников (местнические «памяти», разряды, родословцы, летописи, местнические дела и др.), он приходит к выводу, что следы существования местничества во второй половине XV—первой трети XVI в. весьма незначительны. Причем сначала оно носило служилый, а не родовой характер: старомосковские бояре не могли равняться в знатности с княжатами, поэтому они «считались» между собой службами, так как их происхождение не давало оснований для более «высокого места» одного рода сравнительно с другим. Только со вхождением служилых княжат в Думу в годы «боярского правления» представители старомосковского боярства начали с ними «считаться местами», так как те и другие сравнялись по своему положению.

Очень важны наблюдения Александра Александровича относительно практической деятельности Боярской думы, которая играла наряду с великим князем большую роль в осуществлении законодательных, судебных, военно-административных функций центральной власти. Но она, как показывает автор, редко заседала в полном составе (члены Думы служили наместниками, исполняли дипломатические и иные поручения, попадали в опалу и т. д.). В ее работе, помимо собственно бояр, участвовали окольничие, члены дворцовой администрации. Многие дела великий князь поручал «боярским комиссиям», в которые, помимо одного или нескольких бояр, входили дворецкие, казначеи и прочие представители дворцового ведомства, дьяки, наконец, лица, которым только на время (например, в ходе посольских переговоров) присваивали («сказывали») чин боярина.