Артаферн охотно принял предложение Аристагора; он выхлопотал согласие Дария и велел в следующую же зиму снарядить не 100, а 200 военных кораблей. Во главе экспедиции поставлен был Аристагор, но при нем находился еще персидский полководец в качестве предводителя персидских сухопутных войск, Мегабат, человек царской крови. После того как приготовления были окончены со всевозможной осторожностью и распространен слух, что флот идет в Геллеспонт, весной 500 года он поплыл от Милета на север по направлению к Геллеспонту до Хиеса. Здесь у мыса Кавказского он стал на якоре и ожидал благоприятного северного ветра, чтобы быстро и неожиданно появиться у Наксоса.

Между тем как флот стоял у Кавказа, однажды Мегабат объезжал корабли и на палубе одного миндосского корабля он не нашел стражи и приказал своему телохранителю наказать начальника этого корабля, Скилакса, друга Аристагора. Скилакс был связан и втиснут в весельную уключину, так что его голова торчала вон, а тело свешивалось внутрь. Как скоро Аристагор услышал о случившемся, он отправился к персу и стал просить за друга; когда же просьба была отвергнута, то он сам своей властью освободил друга. Вследствие этого между обоими предводителями дело дошло до неприятного объяснения, в котором Аристагор напомнил персу, что тот должен ему повиноваться, как главнокомандующему. Перс принужден был уступить, но, чтобы отомстить Аристагору, в следующую же ночь послал судно к Наксосу и известил жителей его о грозящей им опасности.

Жители Наксоса, не предполагавшие, чтобы флот, стоявший у Кавказа, назначался против них, поспешно собрали все, что было на поле, в городе, запаслись достаточно провизией и водой, заперли гавань и приготовились к защите. Неприятельский флот, появившись пред Наксосом, нашел все в наилучшем оборонительном состоянии и должен был простоять четыре месяца пред городом, не добившись ничего. После того как касса Мегабата истощилась и Аристагор истратил много своих собственных средств, осада была снята и флот возвратился в Милет. Изгнанные аристократы, для которых выстроено было небольшое укрепление на занятой части острова, остались здесь, чтобы опустошать и беспокоить отечественную страну.

Вследствие неудачи этого предприятия Аристагор находился в опасном положении; в лучшем случае он мог ожидать потери тирании и конфискации его имущества. В то время, когда он находился в таком затруднительном положении, не зная, что предпринять, он получил известие из Сузы от своего тестя, Гистиея. Гистией с нетерпением переносил свой бездеятельный плен; он сильно рвался в отечество, в греческое море. В случае если бы поднялось восстание ионян, он надеялся добиться от царя того, чтобы тот послал его в отечество для усмирения этого восстания. Поэтому Гистией решился письмом побудить своего зятя произвести восстание. Письмо, чтобы его не открыли, было написано особым способом. Он наголо остриг голову своему вернейшему рабу, нацарапал на ней свое воззвание к восстанию, приказал ему снова отрастить волосы и тогда уже послал к Аристагору в Милет.

Получив это странное письмо, Аристагор имел тайное совещание со своими друзьями. Между ними был также милетец Экатей, известный у греков как историк и совершавший далекие путешествия, человек отличного ума и больших знаний. Он советовал не производить восстания, потому что считал недостаточными средства ионян ввиду ресурсов богатого, обширного персидского государства, когда же его мнение не было принято, то дал совет всеми мерами стараться о приобретении для войны денег. С этой целью милетцы должны были взять и обратить в деньги сокровища храма Бранхидского Аполлона и между ними богатые подарки Креза, так как иначе все равно рано или поздно храм этот попадет в руки персов.