Дарий поручил главное начальство над морскими и сухопутными силами, которые предназначались для завоевания Европы, Мардонию, молодому человеку и близкому своему родственнику. Он был зять царя и незадолго перед этим женился на его дочери Артазостре. В 493 году из Геллеспонта двинулись сухопутная армия и флот, чтобы поднять против Греции Фракию и Македонию. Но флот, вследствие чрезвычайно рано наступившей и жестокой зимы с 493 на 492 год, потерпел страшное крушение при мысе Афонском, причем погибло 300 кораблей и 20000 человек. В то же время сухопутная армия, при которой находился Мардоний, подверглась в Македонии нападению фракийского племени вригов и была отчасти истреблена; сам Мардоний был ранен. После страшных потерь Мардоний не отважился идти дальше в такое дурное время года в таком суровом климате; он отвел войско и флот в Азию, и Афины были на этот раз спасены. Мардоний впал у царя в немилость, хотя его завоевания во Фракии и Македонии были довольно значительны и, пока Дарий был жив, не требовали новых военных предприятий.

Дарий, однако же, не покидал своих планов относительно Греции. В 491 году все приморские города персидского царства получили повеление приготовить свои военные суда и построить транспортные для лошадей. Во избежание трудностей и опасностей на северном море теперь предполагалось плыть от азиатских берегов по Эгейскому морю, мимо Кикладских островов, прямо к Эвбее и Аттике, и дорогой покорить Киклады. Но предварительно Дарий отправил послов на острова и европейский материк с приказанием требовать земли и воды, в знак подчинения. Жители островов дали землю и воду; то же сделали и многие города на материке; но раздраженные спартанцы бросили персидских послов в колодезь, насмешливо прибавив, что здесь они найдут для себя и землю, и воду, а афиняне, по предложению Мильтиада, свергли их в Варафрон — пропасть, в которую обыкновенно бросали преступников! Такое нарушение международного права повело к разрыву с персами.

Персидский флот, который должен был принять на себя сухопутную армию с бесчисленной конницей, собрался весной 490 года в Киликии. В нем было 600 трехвесельных судов. Во главе войска Дарий поставил Артаферна, меньшего сына своего брата Артаферна, наместника Сард, а в советники ему назначил пожилого человека из Лидян, по имени Датис. «Идите на Грецию, — говорил им Дарий, — поработите этих упрямцев и приведите их ко мне». Флот двинулся от Самоса через Киклады. Наксос, так храбро выдержавший прежде нападение персидского флота, под начальством Аристагора, был опустошен, а город его был предан огню; напротив того, Делос, остров лучезарного Аполлона, был пощажен и даже удостоился почестей, потому что персы считали свет верховным божеством. Остальные острова были наказаны, и флот направился к Эретрии. В течение шести дней стены города безуспешно были штурмованы; на седьмой день два знатнейших человека, Эвфорб и Филагр, предали свой отечественный город варварам. Он был разграблен и сожжен, остаток жителей обращен в рабство.

Отправив пленных и раненых эретрийцев на маленький остров Эгилею в Эвбейском проливе, персидское войско, руководимое Иппией, высадилось на берег Аттики, в Марафонском округе, несколько в стороне от Эвбеи. В Марафонском округе Писистратиды имели некогда самых верных приверженцев, и Иппия рассчитывал, что к нему немедленно присоединятся все и что он, как то было 48 лет тому назад, при его отце, быстро и победоносно пройдет отсюда в Афины. Как только корабли пристали к берегу, армия тотчас же нашла место, удобное для лагеря и для того, чтобы вытащить суда на сушу. Артаферн разбил свою палатку на возвышенности, у морского берега, в северном углу Марафонской равнины, откуда можно было сразу обозреть все поле.

Стотысячная армия страшного воинственного народа расположилась лагерем на аттической земле и опустошала берега вверх до самой Виотии; бежавшие поселяне толпами устремились в главный город, распространяя повсюду смятение и ужас.