Орда никогда не чинила притеснений православной церкви. В свою очередь русские власти в условиях непрерывных восстаний не предпринимали попыток к искоренению ислама в завоеванном царстве.

Та часть казанской знати, которая выразила готовность к сотрудничеству с Москвой, перешла на царскую службу и заняла высокое положение в официальной московской иерархии. Московское правительство стремилось оторвать татарских «царевичей» от их степных кочевий и переселить вместе с их войском и «двором» на Русь. Одни из переселенных «царей» и «царевичей» сохраняли религию предков, другие получали землю и принимали христианскую веру.

Мусульманские ханы владели «царством» в Касимове, «уделами» в Юрьеве и Романове, крещеные «царевичи» держали земли в Звенигороде, Суражике и иных местах. В Касимове и других мусульманских «уделах» татарские владыки имели собственную администрацию, творили суд и расправу, отправляли свои религиозные обряды. Как заявляли русские послы за рубежом, в переданных ханам городах «мусульманские веры люди по своему обычаю и мизгити и кишени держат, и государь их ничем от их веры не нудит и мольбищ их не рушит, всякой иноземец в своей вере живет». Во владениях мусульманских ханов жили не только татары, но и православное русское население. Права мусульманских ханов в отношении этих двух групп населения были неодинаковы. Касимовские ханы выступали как удельные владыки по отношению к татарскому населению и как кормленщики по отношению к русскому населению, отданному под их власть.

Русские использовали всевозможные средства, чтобы упрочить свое господство в Казани. Они вывели из казанской крепости все население и поселили в татарские дворы русских дворян. В 1555 г. было образовано Казанское архиепископство, приступившее к христианизации края.

В конечном итоге завоевание «подрайской землицы» не оправдало надежд русского дворянства. Степи с их мощным травяным покровом отличались редким плодородием, но с трудом поддавались обработке. Площадь распаханной земли в пределах края оставалась незначительной.

Русское правительство произвело первый раздел казанских земель вскоре после завершения семилетней казанской войны. В мае 1557 г. казанский воевода наделил землями, ранее принадлежавшими казанскому хану и его мурзам, русских дворян и детей боярских. «Подрайская землица» пополнила фонд государственных поместных земель России. Крупные поместья получил царский наместник Казани. Значительные владения были выделены архиепископскому дому. С 1565 г. расхищение земель коренного населения Среднего Поволжья приобрело еще более широкий размах: в поместную раздачу поступил значительный фонд государственных «черных» и дворцовых деревень, а также земли, «исстари» принадлежавшие татарам, чувашам и мордве.

Казанская война надолго отвлекла власти от внутренних преобразований. Немалое влияние на последующие события оказал династический кризис. В марте 1553 г. царь занемог «тяжким огненным недугом». В случае его кончины трон должен был наследовать только что родившийся его сын царевич Дмитрий (несколько месяцев спустя царевич погиб во время путешествия царя на богомолье). Управлять его именем должны были бояре Романовы, братья царицы Анастасии. Высшая знать из состава думы, не допущенная в регентский совет, не скрывала своего негодования. Официальная летопись, составленная при Адашеве, обрисовала ситуацию с помощью библейской цитаты: «посети немощь православного нашего царя… и сбыстся на нас евангельское слово: поразисте пастыря, разыдутся овца».