Приход Захарьиных к власти и их политика вызвали недовольство аристократии. Первыми запротестовали владельцы удельных княжеств, располагавшие внушительными силами и достаточно независимые в своих поступках. Родня царя князь Василий Глинский пытался бежать в Литву, но был арестован. Год спустя в государственной измене был изобличен глава Боярской думы князь И. Бельский. Его арестовали в начале 1562 г., т. е. в то самое время, когда дума обсуждала Уложение о княжеских вотчинах. При аресте у князя были найдены охранные грамоты от польского короля. Однако следствие по делу Бельского вскоре зашло в тупик. Слишком много высокопоставленных лиц оказалось замешано в заговоре. Среди подозреваемых оказался родственник царя, удельный князь Вишневецкий. Но ему удалось бежать в Литву.

Бельский избежал наказания благодаря заступничеству Боярской думы и высшего духовенства. 20 марта 1562 г. он был освобожден из–под ареста.

Уложение о вотчинах затронуло имущественные интересы семьи Воротынских. Прения в думе завершились арестом Воротынских. Официальная версия сводилась к тому, что «князь Михайло государю погрубил», что и явилось причиной опалы. Власти подозревали, что Воротынские намерены отъехать в Литву. Главным результатом суда над братьями Воротынскими была ликвидация Новосильско — Одоевского удела.

Князь Д. И. Курлятев — Оболенский после суда над Адашевым был сослан на воеводство в Смоленск, откуда, по–видимому, пытался бежать за рубеж. Будучи задержан в пути, боярин пытался оправдаться тем, что он заблудился.

Фактически Курлятев был ключевой фигурой в правительстве Избранной рады. Его постигло суровое наказание. Московский летописец записал под 1562 г.: «Того же лета октября в 29 день царь… положил опалу на боярина на князя Дмитрея Курлятева за его великие изменные дел, а велел его и сына его князя Ивана постричи в черньцы и отослати на Коневец в монастырь под начало».

Государев двор издавна выполнял функции обеспечения безопасности царя и его семьи. Множившиеся государевы опалы свидетельствовали, что Иван IV все больше утрачивал доверие к своим дворянам.

Приход к власти Захарьиных оживил их давнее соперничество со Старицкими. Князь Владимир Андреевич в качестве «царского брата» занимал самую высокую ступень придворной иерархии. На протяжении всего времени правления Избранной рады в разрядах он неизменно выделялся как второе (после царя) лицо в государстве. С отставкой Адашева положение изменилось. Захарьины лишь ждали повода, чтобы скомпрометировать своих заклятых врагов.

В дни Полоцкого похода 1562 г. на сторону литовцев перешел знатный дворянин Б. Н. Хлызнев — Колычев, служивший князю Владимиру. Изменник «побеже ис полков воеводских з дороги в Полтеск и сказа полочаном царев и великого князя ход к Полотцску с великим воинством и многим нарядом». Дворянин выдал важные сведения о планах русского командования, которые немедленно же были переданы полоцкими воеводами литовскому правительству.

Измена Б. Н. Хлызнева бросила тень на князя Владимира Андреевича, и царь, по–видимому, решил учредить надзор за семьей брата. Сразу после падения Полоцка в Старицу к Ефросинье Старицкой выехал с «речами» Ф. А. Басманов — Плещеев, новый фаворит царя, пользовавшийся его исключительным доверием. Когда 3 марта 1563 г. князь Владимир выехал из Лук в Старицу, его сопровождал царский пристав И. И. Очин, родня Басмановых. Внешне еще ничто не омрачало отношений между Грозным и его братом. В марте 1563 г. Грозный по пути в Москву остановился в Старице и «жаловал» Старицких, «у них пировал». Затем в конце мая он уехал в Александровскую слободу и пробыл там почти два месяца.