План наступления на Литву не мог быть принят без санкции думы, осуществлявшей высшее военное руководство. В соответствии с планом две армии на первом этапе вторжения действовали раздельно, имея приказ соединиться на территории противника. Подобный образ действия таил в себе слишком большой риск. Но царь отстранил от руководства военными операциями самого талантливого из своих воевод Горбатого и сам определял военные планы.

«Мятеж» бояр в думе внушил мнительному самодержцу мысль о том, что непокорные бояре готовы вступить в сговор с королем Сигизмундом ради свержения законного государя. За три недели до казни Репнина Москву покинуло литовское посольство. Власти подозревали, что именно послы получили секретную информацию о московских военных планах, которая и помогла литовцам одержать победу. Раскрытые секреты были доступны лишь членам Боярской думы, которые и оказались под подозрением.

Несколько месяцев спустя царь Иван, отвечая на упреки Курбского, писал, что бояре казнены за измену, что подтверждается свидетельством беспристрастных очевидцев. «…Сия их измены, — писал он, — всей вселенней ведомы, аще восхощеши, и варварских языцех увеси и самовидцев сим злым деянием можеши обрести, иже куплю творящим в нашем царствии и в посольственных прихождениях приходящим». Очевидно, царь имел в виду «самовидцев» (послов и купцов), покинувших Москву незадолго до казни бояр.

В самых резких выражениях Курбский упрекал Ивана за пролитие в церкви «святой крови» своих воевод. На это Грозный отвечал, что давно уже ничего не слыхал о святой крови. «Во своей земли в нынешнее время несть ея явленно, не вемы». «Мучеников же в сие время за веру, — продолжал он, — у нас нет… а еже (кто. — Р. С.) обрящется в сопротивных… тот по своей вине и казнь приемлет… а еже о измене и чяродействе воспомянул еси, — ино, таких собак везде казнят!» Монарх обвинил Оболенских в том, что они примкнули к «сопротивным» (противникам царя в думе) и учинили измену. В пылу полемики Иван IV обличил убитого Репнина как «блудника». Упрек побудил Курбского подробно изложить историю мученической смерти Репнина.

Рассказ Курбского привлекает внимание многими живыми подробностями. Однажды, повествует Курбский, царь пригласил боярина во дворец на веселый пир со скоморохами и ряжеными, «хотяще бо его тем аки в дружбе себе присвоити». Когда все изрядно подвыпили, царь и его приятели пустились плясать со скоморохами. Подобная непристойность шокировала ревнителя благочестия князя Репнина. Ко всеобщему смущению, боярин, прослезившись, стал громко корить и увещевать Ивана, «иже не достоит ти, о царю християнскии, таковых творити!». Царь пробовал урезонить строптивца и попросил его: «…веселися и играи с нами!» Он попытался надеть маску на нелюбезного гостя, но тот, забыв приличия, растоптал «мошкару» ногами. Ссылаясь на свой боярский сан, он заявил: «Не буди ми се безумие и безчиние сотворити в советническом чину сущу мужу!» В сердцах Иван велел вытолкать упрямого боярина взашей за двери.

Ссора на маскараде живо характеризовала взаимоотношения между монархом и его думой в первый период его самостоятельного правления. Знать, похоже, еще не боялась перечить Ивану IV.

Среди бояр, противившихся царскому произволу, выделялись Шереметевы и князь Курбский. Бояре Шереметевы подверглись тюремному заключению и пытке. Младший из них был убит. Князя Курбского царь отослал на воеводство в Юрьев Ливонский. Оттуда боярину удалось бежать за рубеж. Послание, написанное в эмиграции, положило начало многолетней переписке между Курбским и царем.

В 1971 г. американский исследователь Э. Кинан пришел к выводу, что письмо Курбского, как и вся его переписка с Грозным, является литературной мистификацией начала XVII в.