Исии с самого начала остановился на бактериях чумы как "мощном оружии" для ведения бактериологической войны потому, что во время своей поездки по Европе он узнал, что все европейские страны, в том числе и Германия, исключили бактерии чумы из числа бактериальных средств, которые могут быть использованы в качестве оружия.

Объяснялось это тем, что Европа на этот счет имела слишком печальный опыт прошлых столетий. В сознании правящих кругов европейских стран из поколения в поколение, как осложнение после тяжелой болезни, передавался ужас, связанный с эпидемиями чумы. Страх перед чумой, как перед небесной карой, и заставил европейские страны исключить бактерии чумы из списка возможного бактериологического оружия.

Сиро Исии во время своей поездки по Европе много слышал о страхе перед чумой и пришел к выводу, что именно бактерии чумы, не являющиеся объектом исследований в Европе, "как раз и есть самый лучший объект для самостоятельных исследований в Японии".

Руку помощи Исии в его деятельности по развертыванию в Японии "самостоятельных исследований бактериологического оружия" неизменно протягивал Тэцудзан Нагата, спасший его от последствий раскрытия факта коррупции, связанной с фильтрами.

12 августа 1935 года Нагата был зарублен подполковником Айдзавой в своем служебном кабинете в военном министерстве. Считалось, что это акт "возмездия" группировки "императорского пути" в отношении Нагаты, бывшего душой "группы контроля" (эти две противоборствовавшие группировки стремились, каждая по-своему, к установлению в Японии военно-фашистской диктатуры. Группировка "императорского пути" намеревалась достичь этого с помощью путча "молодых офицеров". "Группа контроля" выступала за то, чтобы, положив конец деятельности заговорщических организаций "молодых офицеров", добиться установления военно-фашистского режима на основе постепенной ликвидации "сверху" конституции, парламента, политических партий и других элементов буржуазной демократии).

Позднее Исии, чтобы "увековечить память о Нагате", вызвал из Киото в Харбин известного скульптора и заказал ему бронзовый бюст Нагаты.

Почва для разложения

При изучении истории "отряда 731" обращает на себя внимание внезапная и непонятная перестановка кадров. В июле 1942 года, сразу же после специальных крупномасштабных маневров Квантунской армии, Сиро Исии был снят с должности начальника отряда и на его место был назначен Масадзи Китано. Исии тем временем уехал в Нанкин, где руководил крупными операциями по применению бактериологического оружия, получившими печальную известность в истории войны в Китае как "операция Чжэгань". Однако Исии был освобожден от должности начальника "отряда 731" вовсе не для руководства этими операциями, а совсем по другой причине. Отстранение Исии от должности было связано с тем, что в отряде обнаружилась растрата колоссальной суммы денег на неизвестные цели. Короче говоря, выяснились факты коррупции и незаконного использования казенных средств, в которых оказались замешанными Сиро Исии и командование харбинской жандармерии.

Непосредственной причиной для возбуждения следствия послужили злоупотребления, имевшие место при строительстве одного из сооружений отряда - Большого лекционного зала в корпусе 63. По свидетельству осведомленных лиц, между чертежами проекта Большого лекционного зала, представленными в штаб Квантунской армии, и тем, что было построено в действительности, обнаружились значительные расхождения. С этого, говорят, и начал разматываться клубок преступлений.

"Отряд 731" как сверхсекретное формирование Квантунской армии получал огромные ассигнования из секретных фондов. Бюджет отряда, например, в 1940 году составлял 10 миллионов иен.