С августа 1915 года Ставка размещалась в белорусском городе Могилёве, который тогда называли Могилёвом-Днепровским или Могилёвом-Губернским — чтобы отличить от Могилёва-Подольского. Пост Верховного главнокомандующего после падения монархии занимал генерал от инфантерии Михаил Васильевич Алексеев, которого Марков знал уже десять лет. Но главное: начальником штаба Ставки еще 5 апреля был назначен добрый знакомый Сергея Леонидовича по 4-й «железной» бригаде — Антон Иванович Деникин. Генерал-квартирмейстером при нем месяц как был талантливый и энергичный генерал-майор Я. Д. Юзефович, который после прибытия Маркова стал 1-м генерал-квартирмейстером; Сергей же Леонидович получил должность 2-го генкварта. Отношения между генералами установились теплые, дружеские, возникла надежда на то, что удастся наладить продуктивную работу.

Впрочем, эти надежды Маркова тоже рухнули достаточно быстро. Дело было в манере главковерха вести дела: Алексеев стремился сосредоточить в своих руках все рычаги управления армией, а начальнику штаба и обоим ген-квартам доставалась роль технических помощников, с чем они мириться не желали. Деникин и Юзефович начали поговаривать об уходе, Марков тоже. «Много раз втроем (я, Юзефович, Марков) мы обсуждали этот вопрос <…>, — вспоминал А. И. Деникин. — Марков заявил, что без нас не останется ни одного дня. Наконец, я решил поговорить откровенно с Михаилом Васильевичем. Оба взволновались, расстались друзьями, но вопроса не разрешили.

— Разве я не предоставляю вам самого широкого участия в работе; что вы, Антон Иванович? — совершенно искренно удивился Алексеев, в течение всей войны привыкший к определенному служебному режиму, казавшемуся ему совершенно нормальным.

Опять „конференция“ втроем. После долгих дебатов решили, что общий план кампании 17-го года разработан давно, и подготовка ее находится уже в такой стадии, что существенные перемены невозможны, что детали сосредоточивания и развертывания войск, при современном состоянии их, — вопрос спорный и трудно учитываемый; что некоторые изменения плана нам удастся провести; наконец, что наш уход in corpore (сообща. — В. Б.) мог бы повредить делу и пошатнуть, и без того непрочное, положение Верховного. И поэтому решили потерпеть».

«Терпеть» пришлось недолго. В ночь на 22 мая Алексеев был извещен телеграммой о том, что пост Верховного главнокомандующего отныне занимает генерал от кавалерии А. А. Брусилов. К нему и у Деникина, и у Маркова отношение было двойственным: воспоминания о Юго-Западном фронте 1914-го, уважение к талантливому военачальнику — и невозможность смириться с его беспринципностью, угодничеством перед Временным правительством. 31 мая Деникин был назначен главнокомандующим Западным фронтом, а 10 июня Марков стал при нем исправляющим должность начальника штаба. С Могилёвом оба прощались без сожаления; отныне предстояло работать в Минске.

Штаб Западного фронта с 1915 года занимал двухэтажное здание Минской мужской гимназии в самом центре города, на углу Захарьевской и Губернаторской улиц (в июне 1941 года оно погибло во время немецкой бомбежки, сейчас на его месте разбит бульвар; современный адрес — угол проспекта Независимости и улицы Ленина). Фронт готовился к масштабному наступлению, которое было запланировано еще в начале года, до переворота, но сроки которого постоянно сдвигались. И неудивительно, так как «революционная армия свободной России», развращенная Приказом № 1, который в мае дополнился Декларацией прав солдата и гражданина, была попросту небоеспособна — ее захлестывала политика. Марков, вместо того чтобы заниматься прямыми обязанностями наштафронта, вынужден был большую часть времени тратить на бесконечные заседания всевозможных комитетов и комиссий, рассматривать резолюции, принимать делегатов… «Вся тяжесть сложных взаимоотношений с „революционной демократией армий“ легла на голову моего начальника штаба и друга — генерала Маркова, — вспоминал А.