Романов и Медведев констатировали неспособность Иоакима и всех церковных иерархов справиться с мощным движением староверов без активной помощи светской власти. По Медведеву, речь шла об общей опасности для всех приверженцев официальной Церкви, о невозможности вести полемику с раскольниками, которые «разодрали» специально изданную тогда Иоакимом полемическую книгу и не слушали никаких увещаний. По Романову, патриарх попросту не смог вести спор самостоятельно и был спасен ухищрениями Софьи.

Сильвестр уверяет, что вожди староверов готовили убийство патриарха; тот вынужден был настаивать на «прениях» с раскольниками в присутствии государей, просить светскую власть о защите. Савва пишет, что не только князь Иван Хованский, поставленный Софьей во главе Стрелецкого приказа, но даже царица Наталья Кирилловна поддерживала связь со староверами, предупреждая их о «дьявольском вымысле» царевны (которую мать Петра, оправдывая свою кличку «Медведица», ненавидела с лютостью). Оба историка событий сходятся на том, что действия Софьи в этот критический для официальной Церкви момент продемонстрировали ее незаурядные политические таланты.

Прежде всего, царевна предложила патриарху устроить «прения» во дворце, в Грановитой палате, а не на Лобном месте или в патриарших хоромах, где Иоаким легко мог стать жертвой фанатиков. Получив сообщение, что стрельцы готовы поддержать староверов, она сумела провести совещание с частью стрелецких выборных и установить, что слух сильно преувеличен, что большинство служивых безразлично к пропаганде вождей староверов.

Драматическая сцена разыгралась в тот день в царском совете. Здесь было объявлено тайное «доношение», чтобы цари и члены царской семьи не ходили с патриархом и церковными властями в Грановитую палату, «а если пойдут, то им от народа не быть живым!» Софья, разгадав, сколь выгоден этот слух староверам, проявила «велие дерзновение» и заявила: «Если и так, то будь Божья воля; однако не оставлю я святой Церкви и ее пастыря, пойду туда». Она увлекла за собой прославленную набожностью и меценатством тетку — царевну Татьяну Михайловну, сестру — царевну Марию Алексеевну, и даже царицу Наталью Кирилловну, цеплявшуюся за любую видимость власти.

На пути Софьи встали перепуганные бояре, узнавшие, что если царевна выступит на защиту патриарха, то подвергнет опасности не только свою жизнь: побиты будут и царедворцы, как это уже было недавно в дни взятия Кремля восставшими. «Ужаса смертного исполненные» бояре умоляли Софью Алексеевну, «дабы она, великая государыня, с патриархом и властями в Грановитую палату идти Не изволила и себя бы и их от напрасной смерти освободила».

Но Софья, «ни мало прошению их внимая», двинулась в Грановитую палату сама и повелела звать патриарха, указав ему безопасный путь по внутренней дворцовой лестнице. В отличие от перепуганных царедворцев и узколобых интриганов, вроде Хованского и царицы Натальи Кирилловны, Софья Алексеевна понимала, чем грозит правительству разрушение церковной иерархии. Но преодолеть страх и выступить на защиту патриарха было мало. Следовало сокрушить мощное движение старообрядцев.

Кремль был заполнен толпами народа, приведенными на «прения о вере» зажигательными речами гонимых приверженцев старины. Софья знала, что большинство собравшихся не разбирается в богословских разногласиях, но все ждут крупных событии. В состязании за «правую веру» на площади старообрядцы имели бесспорное преимущество: тесная связь с «мужиками» сделала их настоящими народными трибунами.