Лишая народ зрелища, Софья Алексеевна оставляла собравшимся ощущение причастности к важнейшему для государства делу. По площади от патриарших палат на Красное крыльцо двинулась внушительная процессия во главе со знаменитым книголюбом архиепископом Афанасием Холмогорским. Московские священники и монахи торжественно несли во дворец «множество древних книг» — материалов для предстоящего спора. Внимание многих из собравшихся было переключено со стихийного возмущения против церковных иерархов на интерес к столь основательно приготовляемой полемике.

Тем временем патриарх Иоаким и его приближенные из числа высших церковных чиновников пробрались во дворец скрытыми переходами, и Софья Алексеевна «начала со святейшим патриархом и со всеми властями об укрощении возсвирепевшего народа советоваться». План поведения в Грановитой палате был составлен, но чуть не сорвался в самом начале. Вбежавший в Переднюю палату князь Иван Хованский «сказал, что народ зело кричит, и просят» патриарха с архиереями немедля выйти «ради веры состязания».

«Они того ожидают, — говорил боярин Иоакиму, — — а государям они ради их государских младых лет там с тобой быть не хотят. И государям он, князь Иван, доносил: если патриарх от вас, государей, к народу, его ожидающему, на площадь с властями вскоре не пойдет, то народ как и прежде к ним, государям, в Верх хочет идти с оружием, патриарха и всего освященного чина на убиение». Если же патриарх откажется, говорил перепуганный боярин, «тогда опасен он, чтоб и им, государям, от свирепства народного чего не учинилось, и от того бы боярам напрасно не быть побитым!»

Бояре перепугались, но Иоаким наотрез отказался без царей идти к народу. Это был момент смертельной опасности для официальной Церкви и, возможно, для всех «верхов». Медведев справедливо указывает, что, уклонись тогда Иоаким от «прения» с вождями староверов, и «не только святейший патриарх с властями в тот день от свирепого народа были побиты, но и все бы священного чина были смерти преданы». Уже среди видных деятелей государства «страх смертный от народной дерзости… и здравые умы поколебал», но Софья Алексеевна вновь спасла положение.

Ободрив патриарха и церковные власти краткой энергичной речью, она заявила боярам, что Бог призывает всех, церковных и светских властителей, «стать единодушно друг за друга». Она сама, без царей двинулась в Грановитую палату, говоря, что «готова душу свою днесь без всякого страха положить;… и если кто со мною хочет идти — тот мне да последует!» Староверам было объявлено, что их хотят выслушать во дворце царевны, которым «на площади быть зело зазорно»; состоится, дескать, еще не собор, а слушание челобитной вождей раскола.

Уповая обратить царевен в свою веру, те покинули собравшийся в Кремле народ и пошли во дворец, сделав решающий шаг к собственной гибели. «Не ходите в палату, — кричали староверам из толпы, — если пойдете, худо будет, обманут вас там лукавством своим!» Действительно, как только раскольничьи полемисты были отделены стрелецким караулом от толпы, на них кинулись из засады до 300 приходских священников. Завязалась драка — ее прекратили стрельцы, избив немало попов. Царевна, наблюдавшая сцену из окна, утвердилась в мысли, что ключом к решению проблемы является именно настроение служивых, желающих постоять за правду и порядок.

Софья села на царский трон, а на второй трон посадила тетку свою царевну Татьяну. Перед ней, в креслах, заняли места царица Наталья, царевна Мария и патриарх Иоаким. Ниже, «по степеням», разместились 8 митрополитов, 5 архиепископов и 2 епископа. Чинно расставила царевна остальных духовных лиц, бояр и других придворных (побоявшихся потерять честь, оставив царскую семью).