В разгар кризиса, 9 января 1586 года, Иова перевели из Коломны в Ростов и посвятили в сан архиепископа Ростовского, Ярославского и Белозерского. Бывший опричный архимандрит сделал головокружительную карьеру. Пробыв архиепископом менее года, Иов 11 декабря 1586 года занял митрополичью кафедру.

Однако князья Шуйские не смирились с поражением. По некоторым сведениям, их сторонники столичные купцы Федор Нагой, Голуб и другие пытались спровоцировать уличные беспорядки и использовать их для разгрома дворов Годуновых. Достоверность этих сведений не поддается проверке. Как бы то ни было, правитель Борис использовал версию о заговоре Шуйских для расправы с теми лицами, которые участвовали в подаче челобитной царю Федору.

Шесть сообщников Андрея Шуйского из числа «торговых мужиков» были выведены на пустырь у стен Кремля и обезглавлены. Боярин Андрей Шуйский и его братья Василий (будущий царь), Дмитрий, Иван и Александр были сосланы в свои вотчины, а позднее взяты под стражу. Боярина И. П. Шуйского арестовали в его вотчине, отправили в Кирилло-Белозерский монастырь и там насильно постригли в монахи. Шуйский был одним из лучших воевод России. Именно он возглавил оборону Пскова от войск короля Батория и спас страну от полной катастрофы в конце Ливонской войны. 16 ноября 1588 года старец Иов — регент и воевода — был тайно умерщвлен в монастыре по приказу Бориса Годунова. Полгода спустя в темнице при неизвестных обстоятельствах скончался Андрей Шуйский. Сторонники Шуйских князья Татевы-Стародубские и И. Ф. Крюк-Колычев угодили в ссылку. Боярин Ф. И. Шереметев вынужден был уйти в монастырь.

Попытка Шуйских захватить власть не удалась. Борис Годунов и его помощник думный дьяк и «канцлер» Андрей Щелкалов сосредоточили в своих руках бразды правления государством. Столкновение с боярской аристократией породило глубокий политический кризис, чреватый новой опричниной. В трудный момент Годунов показал себя мудрым государственным деятелем. В разгар кризиса он не побоялся распустить «двор» — последыш опричнины. Политическое наследие Грозного было уничтожено. Роспуск вооруженного охранного корпуса — «двора» — ослабил позиции правителя. Тем не менее Годунов подавил боярскую крамолу, не прибегая к кровавой резне и погромам.

Стремясь найти опору в дворянстве, Борис Годунов приступил к социальным реформам. Власти стали освобождать от податей помещичью запашку в дворянских усадьбах. Эта мера провела глубокую борозду между привилегированным неподатным дворянским сословием и низшими податными сословиями. В угоду помещикам приказные ведомства А. Я. Щелкалова временно наложили запрет на выход крестьян в юрьев день. Как раз в конце 1580-х годов в России начал складываться режим «заповедных лет». Заповедью на Руси называли всякого рода запреты. В заповедные годы власти запретили жителям городов — посадским людям — покидать тяглые (податные) дворы, а крестьянам уходить со своих тяглых пахотных наделов. Феодальное государство сделало решительный шаг к закрепощению крестьян.

Правление Бориса Годунова явилось важным этапом в развитии самодержавно-крепостнического строя в России. Переход трона к слабовольному и неспособному к управлению Федору лишь на время ослабил власть. Поражение Шуйских знаменовало возврат к прежним порядкам, установленным Грозным. По иронии судьбы, недееспособный Федор, за которого правил Борис Годунов, впервые официально усвоил титул самодержца.

При Грозном Россия превратилась в мировую державу, ставшую после падения тысячелетней Византийской империи главным оплотом православной религии. Начавшаяся перестройка ее государственной системы на самодержавных началах неизбежно должна была повлечь за собой перестройку церкви. Величие самодержавия было неполным без великой церкви. Церковь освящала власть московских государей, и ее главе надлежало носить высший церковный титул.