Второй важнейший из приказов — Разряд, генеральный штаб русских войск, с начала 1577 по 1594 г. возглавлял Василий Щелкалов. При нем разрядные обязанности исполняли дьяки А. Клобуков (в декабре 1578 г. попал в плен), И. Стрешнев (29 августа 1578, 1578/80 г.), а также Сапун Аврамов (с сентября 1578 г.), совмещавший разрядную работу с выполнением других поручений. После ухода В. Щелкалова в Посольский приказ Сапун (ставший к 1593 г. думным дьяком) возглавил Разряд. Разрядные функции выполняли и другие дьяки, в их числе Д. Петелин (1589 г.), Неудача Ховралев (возможно, с 1588/89 по осень 1591 г.), В. Нелюбов-Суков (с 1592 по 1598 г.), Захарий Свиязев (с 1593/94 по 1596/97 г.).

Важнейшим финансовым приказом был Большой приход. С 1571 по 1579 г. там сидел дьяк Степан Лихачев. После него (во всяком случае с 1581 г.) приказом до 1585 г. ведал дворовый дьяк Андрей Арцыбашев, отчего приказ, по мнению П. А. Садикова, именуется иногда дворовым. В 1579, 1582, декабре 1583 и летом 1585 г. в Большом приходе служил Богдан Ксенофонтов. С октября 1588 по июль 1589 г. главой приказа был дьяк Никита Румяной, а позднее — Ждан Порошин (август 1592 — август 1596 г.). В годы правления Годунова в связи с увеличением роли приказов в правительственной деятельности для руководства ими все чаще привлекались думные люди. Так, с 1588 и до 1598 г. судьей в Большом приходе был боярин кн. И. В. Сицкий.

Большим дворцом под началом дворецкого ведали: с декабря 1576 по июль 1577 г. — дьяк А. И. Демьянов; в сентябре 1578 и августе 1581 г. — Дружина Петелин; в июле 1579 г. — Гаврила Михеев; в феврале 1580 г. — Постник Сулдашев и Богдан Дементьев; в июне 1581 г. — Фирс Лазарев; в январе 1583 и феврале 1588 г. — П. Т. Тиунов; в 1585/86 — октябре 1586 г. — Семен Емельянов; в октябре 1586 г. — Н. Румяной; в июле 1590 — июле 1592 г. — З. Свиязев.

Ямской приказ в июне 1587 г. возглавлял Е. Л. Ржевский (к 1589/90 г. он был думным дворянином). Дьяками там были: Грязной Опочинин (февраль 1574, г.), Никита Щелепин (март 1574 г.), Истома Евской (до февраля 1578 г.), Петр Пестов (ноябрь 1578 г.), Василий Колударов (февраль 1579 г.), Степан Лихачев (июнь 1579 г.), С. Т. Иванов и Меньшой Башев (декабрь 1579 г.), И. Аргамаков (ноябрь 1585 г.), С. Сумороков и Н. Васильев (июнь 1587 г.), Ждан Мерлеев (октябрь 1595 — август 1596 г.), З. Свиязев (1596/97 г.).

В Поместной избе сидели дьяки Кирей Горин (май 1574–1578/79 гг.), Яков Витовтов (1578 — май 1583 г.),. Елизарий Вылузгин (1583/84—1602 гг.), ставший думным дьяком и сыскавший себе известность участием в разборе Угличского дела 1591 г. Поместными делами ведали Пятой Ильин (октябрь 1573 г.), Семен Фомин (декабрь 1574 г.), Иван Дорофеев-Собакин (март 1576 г.), Богдан Ксенофонтов (январь 1577 — сентябрь 1578 г.), Андрей Мясной (март 1577 — декабрь 1578 г.), Игнатий Зубов (1578/79 г.), Меньший Дербенев (в Александровской слободе летом 1580 г.), Богдан Иванов (сентябрь 1593 — декабрь 1594 г.), Иван Ефанов (февраль 1595 — август 1605 г.).

Казанский дворец по совместительству возглавлял с 1570 до середины 1587 г. А. Щелкалов. В нем также служили: Грязной Ивашов (1580/81—1583/84 гг.), Дружина Петелин (1585–1590, 1594/95 — сентябрь 1595 г.), Захарий Свиязев (июнь 1588 г.). С августа 1592 по август 1596 г. там также сидел Ждан Порошин, а в июле 1597 г. — Афанасий Власьев.

Заметную роль в оздоровлении финансов страны сыграли четверти, зародившиеся при Иване Грозном. Эти территориального профиля финансовые приказы связаны были с другими избами, которые возглавляли их руководители.