Но начало Великой Отечественной войны показало, что в январе 1941 г. оперативно-стратегическое звено командного состава РККА разыгрывало на картах такой вариант военных действий, который реальными „западными“, то есть Германией, не намечался. Большинство участников игр руководили в них соединениями безотносительно к тому, какие должности они фактически занимали в начале 1941 г.

Разбор игр проводил И. В. Сталин, который был явно недоволен действиями „восточных“, а также итоговым докладом начальника Генерального штаба генерала армии К. А. Мерецкова. В результате Мерецков был освобожден от должности, а начальником Генштаба назначен генерал армии Г. К. Жуков. К исполнению новых обязанностей он приступил 1 февраля 1941 г. До нападения вермахта на Советский Союз оставалось меньше пяти месяцев. Один из наиболее яростных критиков Г. К. Жукова, бывший сотрудник Главного разведывательного управления В. Б. Резун (псевдоним — Виктор Суворов) пишет: „Итак, Жуков понимал, что сейчас грянет война, но своими вредительскими распоряжениями запрещал армии готовиться к отпору врага. Жуков до самого последнего момента под угрозой смерти возбранял командующим приграничными округами и армиями делать хоть что-нибудь для подготовки к отражению гитлеровского нашествия“.

Не будем вдаваться в полемику с человеком, присвоившим себе фамилию нашего знаменитого соотечественника — генералиссимуса А. В. Суворова. Наша цель — на документах показать, что мог сделать и что не сделал Жуков на посту начальника Генштаба. Но прежде поясним, что круг обязанностей руководителя „мозга армии“ был весьма велик. В соответствии с проектом Положения о службе Генерального штаба, разработанного к февралю 1937 г., но так и не утвержденного, на Генштаб возлагались: разработка оперативно-стратегических планов войны, вопросов организационного строительства вооруженных сил; составление мобилизационных планов; изучение и подготовка театров военных действий; разработка перспектив развития военной техники; совершенствование боевых возможностей видов вооруженных сил; организация оперативной подготовки командного и начальствующего состава; разработка вопросов материально-технического обеспечения вооруженных сил во время войны и др..

Структура Генштаба в период с апреля 1936 г. по июль 1940 г. уточнялась шесть раз. В соответствии с приказом наркома обороны № 0038 от 26 июля 1940 г. Генштаб включал восемь управлений (оперативное, разведывательное, организационное, мобилизационное, военных сообщений, устройства тыла и снабжения, по укомплектованию войск, военно-топографическое) и четыре отдела (укрепленных районов, военно-исторический, общий и кадров). В этой структуре Генштаб с небольшими изменениями и встретил войну.

Изменения коснулись не только структуры Генштаба, но и функций его начальника. В соответствии с постановлением правительства СССР от 8 марта 1941 г. общее руководство Красной Армией народный комиссар обороны осуществлял через Генеральный штаб, своих заместителей и систему главных и центральных управлений. Начальник Генштаба становился всего лишь одним из заместителей наркома. Его роль в управлении Вооруженными Силами понизилась. Теперь он мог влиять на работу только управлений связи, снабжения горючим, Главного управления ПВО, военных академий Генерального штаба и им. М. В. Фрунзе. В результате Генштаб утратил часть своих функций и стал на один уровень с другими органами высшего военного управления.

Недооценка роли Генштаба, частые изменения в его организации не могли не отразиться на подготовке страны и ее Вооруженных Сил к отражению агрессии. Негативное влияние на решение этого вопроса в немалой степени оказывала и частая смена начальников Генштаба. В отличие от практики Генеральных штабов зарубежных государств, где пребывание на таком ответственном посту до десяти лет считалось вполне нормальным, целесообразным и даже необходимым явлением, военно-политическое руководство Советского Союза не считало этот вопрос проблемным.