Михаил Павлович Шишкин родился в семье русского моряка-подводника, участника Великой Отечественной войны, награждённого двумя Орденами Красного Знамени и учительницы-украинки. Дед по отцу в 1930 году был объявлен подкулачником и в результате раскулачивания репрессирован и погиб на строительстве БАМа, бабушка Любовь Шишкина (умерла в 1993 году) бежала из деревни с двумя детьми и устроилась уборщицей под Москвой, старший брат отца Борис пропал без вести в 1941 году. В 2010 году Михаилу Шишкину удалось выяснилось, что дядя был расстрелян в немецком плену в 1942 году в результате ложного доноса, как еврей. Младший брат Павел Шишкин (1926—1995) пошёл на войну в семнадцать лет, чтобы отомстить за брата, после обучения воевал в 1944-1945 годах подводником, всю последующую жизнь был вынужден скрывать, что он — сын репрессированного.
Мать была парторгом в школе, когда разразился скандал с тогдашним школьником Владимиром Буковским, ей удалось сохранить работу благодаря декретному отпуску, впоследствии она стала завучем и директором. В этой же пятьдесят девятой школе учился и Михаил. Семья распалась ещё до рождения Михаила, первые годы жизни будущего писателя прошли в подвальной московской коммуналке в Староконюшенном переулке. Любовь Шишкина, бабушка по отцу, окончившая три класса церковно-приходской школы, тайно крестила ребёнка. Уже в школьном возрасте Михаил составил отрицательное мнение о Советской власти, сам занимался фотокопированием книг, напечатанных заграницей ( тамиздат ). Во времена Юрия Андропова мать была из школы уволена за то, что разрешила провести вечер памяти Владимира Высоцкого.
Михаил Шишкин какое-то время работал дворником, укладывал асфальт. Окончил романо-германский факультет Московского государственного педагогического института (1982). Работал три года в журнале Ровесник, писал об искусстве, переводил с немецкого. Затем 5 лет школьным учителем в физико-математической школе № 444 города Москвы, где преподавал немецкий и английский языки.
Михаил Шишкин был женат дважды, имеет по сыну от обеих жён, оба раза брак продолжался семь лет. Первая жена — Ирина из России, вторая — Франческа Штёклин из Швейцарии, славистка по профессии, ей посвящён роман Взятие Измаила . С рождения сына Константина в 1995 году писатель проживает в Швейцарии, в Цюрихе. Помимо литературного труда занимался переводами, давал уроки, преподавал в американском университете[11]. В 2011 году Михаил Шишкин женился на Евгении Фролковой.
Михаил Шишкин любит классическую музыку, в качестве хобби играет в снукер (разновидность бильярда).
Премии, номинации:
1993 — Премия журнала Знамя за лучший литературный дебют (роман Всех ожидает одна ночь )
1999 — Премия кантона Цюрих за путеводитель Русская Швейцария
1999 — Премия Глобус за произведение, способствующее сближению народов и культур, назначенная ВГБИЛ им. М. И. Рудомино (роман Взятие Измаила )
2000 — Лауреат премии Русский Букер (роман Взятие Измаила )
2005 — Лауреат премии за лучшую иностранную книгу года (Prix du Meilleur livre étranger, Франция) (книга эссе Монтрё—Миссолунги—Астапово: По следам Байрона и Толстого )
2005 — Лауреат премии Национальный бестселлер (роман Венерин волос )
2006 — Лауреат премии Большая книга (третье место, роман Венерин волос )
2006 — Финалист Литературной бунинской премии (роман Венерин волос )
2007 — Grinzane Cavour Prize (итальянский перевод Венериного волоса )
2007 — Halpérine-Kaminski Prize for the Best Translation (Laure Troubeckoy, за французский перевод Венериного волоса )
2010 — Орден журнала Знамя
2010 — Первая премия портала Имхонет в категории Любимый писатель
2011 — Роман Письмовник вошёл в короткий лист претендентов на премию Большая книга
2011 — Лауреат Международной литературной премии берлинского Дома культуры народов мира за роман Венерин волос вместе с переводчиком на немецкий Андреасом Третнером.
2011 — Роман Письмовник вошёл в короткий лист претендентов на премию Книга года
2011 — Роман Письмовник вошёл в длинный лист претендентов на премию Нос
2011 — Премия Большая книга за роман Письмовник
