В медицину пошёл, по собственным словам, не по причине наличия близких родственников в белых халатах, а по велению сердца и зову души. Увлекаемый своим интересом стал первым в роду врачом, получив на данный момент три образования: медицинское, психологическое и физкультурное.
Медицинское образование по специализации «физиотерапия и лечебная физкультура». На сегодняшний день является специалистом по традиционным системам оздоровления и занимает пост ректора «Института Традиционных Систем Оздоровления города Москвы».
Получив психологическое образование по специализации «клиническая (медицинская) психология» и защитив учёную степень «кандидат психологических наук» (в Международной академии психологических наук с темой диссертации «Концепция психосоматических расстройств в тибетской медицине»), сегодня является руководителем программ профессиональной переподготовки и повышения квалификации «Института интегративной психологии профессионального развития» города Ярославля.
Пожалуй, главным увлечением в жизни является йога, сопровождающая его большую часть жизни. Ещё в юном возрасте тринадцати лет, в 1989 году, при лечении сколиоза, по совету своего врача-ортопеда начал заниматься йогой. Увлёкся и сегодня достиг определённых успехов, многие даже называют Сергея Агапкина самым высоко квалифицированным специалистом по йоге, говорящем на русском языке. На текущий момент прошел обучение у Балмукунд Сингха (Индия, Дели, Moraji Desai National Institute of Yoga), у одного из последних учеников великого Т. Кришнамачарьи А. Г. Мохана (Индия, Ченнай, Svastha Yoga and Ayurveda), у Шарата Арора, известного ученика мастера Айенгара (Индия, Дхармасала, Himalayan Iyengar Yoga Centre).
Профессиональным преподаванием йоги занимается с 1993 года. На данном поприще Сергей Николаевич добился весьма серьезных достижений:
- Имеет сертификат профессионального инструктора «Emergency First Response»;
- Председатель «Московского йога-терапевтического общества»;
- Член всемирной ассоциации йога-терапевтов (International Association of Yoga Therapists);
- Научный редактор в журнале «Йога»;
- Основал «Рязанский Йога-центра».
В 2010 ему было предложено пройти отбор на роль ведущего нового ток-шоу. Доктор Агапкин успешно прошёл отбор и был выбран продюсерами на роль ведущего. Теперь о нём знает практически вся страна благодаря телеканалу Россия и программе «О самом главном».
В результате опроса проведённого одним из средств массовой информации на своём сайте, смысл которого сводился к в вопросу: «Кому из телевизионных врачей вы более всего доверяете», Сергей Агапкин занял в рейтинге почетное первое место.
