Сбившись с пути, она попала в Дмитров, занятый войсками Яна Петра Сапеги. Тушинский «гетман» советовал ей вернуться, и вновь в ответ прозвучало: «Мне ли, царице всероссийской, в таком презренном виде явиться к родным моим? Я готова разделить с царем все, что Бог ниспошлет ему».

24 июня 1610 года войско Шуйского было разгромлено поляками под началом коронного гетмана Станислава Жулкевского. Сам Шуйский 17 июля был «сведен» с трона, а затем насильно пострижен в монахи.

Московские бояре, выбирая из двух зол меньшее, заключили договор с Жулкевским, и Москва присягнула на верность Владиславу Жигмонтовичу, сыну Сигизмунда III. В город вошел польский гарнизон. Марине с Лжедмитрием пришлось бежать в Калугу. Их сопровождали 500 казаков атамана Ивана Мартыновича Заруцкого.

12 декабря 1610 года Лжедмитрий II был убит крещеным татарином князем Петром Урусовым.

Марина была потрясена вестью о гибели мужа. Она оказалась едва ли не единственной, кто оплакивал его искренне. Жители Калуги сперва отнеслись к ней с сочувствием. Но бояре, желавшие присягнуть королевичу Владиславу, отправили ее в заключение. В начале января 1611 года у нее родился сын, крещенный по православному обряду и в честь «деда» названный Иваном.

В этот момент на стороне Марины выступили донские казаки атамана Заруцкого. Заруцкий намеревался посадить на престол новорожденного сына Марины, надеясь, по-видимому, стать при нем регентом. Как бы там ни было, с января 1611 года казачий атаман оставался единственным союзником Марины (пытаясь использовать в своих интересах потускневшее, но все еще популярное в народе имя Дмитрия). Другие ополченцы не всегда относились к планам Заруцкого с энтузиазмом.

Тем временем Минин и Пожарский сформировали второе ополчение. В августе 1612 года при известии о приближении Пожарского к Москве Заруцкий вновь отступил к Калуге. Марина с сыном находилась в то время в Коломне. Как сообщает «Летопись о многих мятежах», «Заруцкий из-под Москвы побежо и пришеше на Коломну, Маринку взя, и с воренком с сыном, и Коломну град вгромив, пойде в Рязанские места, и там многую пакость делаше». Тем временем в Москве собрался Земский собор, избравший на престол 7 февраля 1613 Михаила Федоровича Романова. Участники Собора присягнули «на Московское государство иных государей и Маринку с сыном не обирати и им ни в чем не доброхотати, и с ними ни в чем не ссыпатися».

Некоторое время Марина с сыном и Заруцкий находились на Украине. Повидимому, отчаявшись, Марина и атаман хотели выйти из игры и найти убежище в Речи Посполитой, но казаки все еще нуждались в «знамени». Позже в Москве узнали, что «Заруцкий хочет идти в Казилбаши [Персию], а Маринка-де с ним идти не хочет, а зовет его с собою в Литву». Затем стало известно, что он собирается идти на Астрахань.

Казакам Заруцкого удалось захватить город и убить астраханского воеводу князя Хворостинина. Заруцкий завязал отношения с татарами, с персидским шахом Аббасом, надеясь, по-видимому, выкроить для себя, Марины и ее сына собственное государство на юге России. Марина с сыном расположилась в Астраханском кремле.

А Заруцкий продолжал рассылать наказы и грамоты от имени «государя царя и великого князя Дмитрея Ивановича Всея Руси, и от государыни царицы и великой княгини Марины Юрьевны Всея Руси, и от государя царевича и великого князя Ивана Дмитриевича Всея Руси». В «ответных» грамотах московское правительство именовало ее «еретицею, богомерзкия, латынские веры люторкою (!), прежних воров женою, от которой все зло Российского государства учинилось». Казаков уговаривали отступиться от Заруцкого, атаману обещали прощение, если он покинет Марину. Так прошла зима 1614 года.

Астраханцам тем временем казацкая власть весьма надоела. Когда начались мятежи, Заруцкий заперся в Астраханском кремле и принялся стрелять из пушек по городу.