«Перипл Ганнона» вызвал в современной науке обширную дискуссию, в том числе и об его подлинности. Говорили, что перипл представляет собой не подлинный отчёт карфагенского мореплавателя, а фальшивку, сочинённую — правда, ещё в древности — неким греческим автором, использовавшим для своего чисто литературного сочинения имя таинственного Ганнона. Сторонники этой теории считали, что язык перипла слишком правилен и поэтичен, он выдаёт руку эллинского писателя. Кроме того, нет никаких реальных археологических свидетельств проникновения карфагенян на побережье Африки южнее острова Могадор, говорили они, и Ганнон попросту не мог вернуться назад из-за мыса Бохадор, так как преодолеть встречные ветры без соответствующих мореходных инструментов и при наличии прямого «латинского» паруса было в то время невозможно. Однако эти возражения оказались несостоятельными. Известно, что для дальних заморских экспедиций карфагеняне пользовались пентеконтерами — большими 50-вёсельными кораблями, построенными из дерева и изнутри обшитыми листами свинца. Эти корабли были гребными и, следовательно, не зависели (или зависели в очень небольшой степени) от направления ветров. На них можно было плыть вдоль побережья Африки сколь угодно долго и в любом направлении: и на юг, и на север. А филологический анализ текста «Перипла» показал, что многие «греческие» обороты оказались всего-навсего переводом с финикийского (пунического). Сведения «Перипла Ганнона» о флоре и фауне африканского побережья в целом соответствуют реальным условиям и отличаются от обычных греческих представлений о невозможности жизни в этих районах Африки.

Другой спорный вопрос — дата плавания Ганнона. Некоторые исследователи полагали, что это произошло во второй половине VI века, или даже в конце VII — начале V века. Однако современные данные археологии свидетельствуют, что первые следы карфагенского присутствия в Северо-Западной Африке появляются на рубеже VI–V веков, и трудно не связать это с деятельностью Ганнона.

Самый дискуссионный вопрос: пределы плавания Ганнона. Сам мореплаватель в своём отчёте после довольно чёткого описания начального этапа пути о дальнейшем путешествии рассказывает довольно неясно — кажется, даже нарочито неясно, указывая только, что достиг горы, называемой «Колесница богов», и залива Южный Рог. «Колесницу богов» связывали и с Зелёным Мысом, и с горой Какулима в Гвинее, и с вулканом Камерун. Как бы то ни было, все эти пункты находятся южнее устья Сенегала, достигнутого ранее массалиотским моряком Эвтименом. По-видимому, этим и объясняется ясность первой части перипла: так как путь до устья Сенегала был уже известен, скрывать его не было необходимости. А вот дальнейший путь — очень даже имело!

Не вызывает сомнений и историчность самого Ганнона: он был одним из представителей правящей в Карфагене династии Магонидов, возможно — старшим из братьев — внуков легендарного Магона, которым в первой половине V века принадлежала власть в Карфагене. Именно поэтому «Перипл» называет его «царём карфагенян». И конечно, лишь очень высокопоставленное лицо могло встать во главе столь масштабного предприятия, в котором участвовало 30 тысяч человек. Фактически, это было целое переселение части карфагенских граждан!

Доверие к рассказу Ганнона росло по мере того, как в распоряжении учёных накапливалось всё больше сведений о Западной Африке.