Впоследствии, по инициативе Бутакова, на Аральском море было заведено пароходство.

На основании съемок 1848–1849 гг. Бутакова и Поспелова в 1850 г. Гидрографическим департаментом Морского министерства была напечатана морская карта Аральского моря.

Общественные взгляды А.И. Бутакова характеризуют его взаимоотношения с великим украинским поэтом Тарасом Григорьевичем Шевченко. За революционную деятельность поэт и художник был сослан рядовым в Орскую крепость с запрещением что-либо писать и рисовать.

Находясь в 1848 г. в Оренбурге, Бутаков узнал, что Шевченко живет в Орске. Алексей Иванович обратился к начальнику Оренбургского края генералу Владимиру Афанасьевичу Обручеву с просьбой откомандировать рядового Шевченко в распоряжение аральской описной экспедиции для зарисовки береговых видов Аральского моря. Обручев, в нарушение вышеупомянутого распоряжения, согласился.

Путь от Орска до низовьев Сыр-Дарьи Шевченко проделал вместе со штабс-капитаном А.И. Макшеевым, который тоже отправлялся на Аральское море в распоряжение Бутакова. Весь поход Шевченко сделал пешком, отдельно от роты, в штатском плохоньком пальто.

Во время плавания по морю в 1848 и 1849 гг. Шевченко жил в маленькой офицерской каюте вместе с тремя офицерами. В течение двух сезонов он сделал много акварельных рисунков.

Бутаков относился к Шевченко весьма благожелательно. В письме, посланном 14 ноября 1849 г., Шевченко так отзывался о Бутакове: «…он был мне друг, товарищ и командир». Осенью 1849 г. Шевченко вместе с Бутаковым выехал из Раимского укрепления (низовья Сырдарьи) в Оренбург и поселился в доме капитана Герна.

А.И. Бутаков. Фото 1865 г.

Генерал Обручев остался очень доволен видами Аральского моря, сделанными Шевченко. Пользуясь этим, Бутаков стал хлопотать о производстве художника в унтер-офицеры, что способствовало бы значительному улучшению участи ссыльного. Кроме того, находясь в Петербурге, Бутаков, по его словам, «двинул всех знакомых дам, чтобы они просили о Шевченко».

Однако результаты получились совершенно неожиданные. Кто-то написал в Петербург донос о том, что ссыльному Шевченко, вопреки распоряжению свыше, разрешили рисовать. В апреле 1850 г. у поэта был произведен обыск. В результате Шевченко был арестован и по этапу отправлен в Орск, причем ему было воспрещено не только писать или рисовать, но даже иметь при себе чернила, перья, карандаш, бумагу. В октябре 1850 г. поэт был сослан в Александровский форт (ныне Форт-Шевченко) на восточном берегу Каспийского моря.

Но и Бутакова ждали большие неприятности. В Центральном военно-морском архиве в Петербурге, в фондах Морского инспекторского департамента, хранится секретное письмо военного министра князя А. Чернышева от 4 декабря 1850 г. на имя начальника Морского штаба адмирала князя А.С. Меншикова «о взыскании с капитан-лейтенанта Бутакова за упущение по наблюдению за рядовым Шевченко».

В 1850 г. Бутаков вернулся с Аральского моря в Петербург и был командирован в Швецию для заказа двух железных судов для Аральской флотилии; в 1852 г. эти пароходы – «Перовский» и «Обручев» – были доставлены в разобранном виде Бутаковым в Раим и в следующем году спущены на воду. Летом 1853 г., находясь на пароходе «Перовский», Бутаков отличился при взятии кокандской крепости Ак-мечеть. Осенью 1854 г. перенес Аральскую верфь в форт № 1 (Казалинск). В 1855 г. сделал опись Сыр-Дарьи от Кумсуата, на 85 км выше Перовска (ныне Кзыл-орда). В этом же году произведен в капитаны 2-го ранга, а в следующем – в капитаны 1-го ранга. Летом 1858 г. плавал с судами Аральской флотилии по Аму-Дарье до Кунграда для содействия посольству в Хиву.