В начале лета началась массовая депортация армянского населения в пустыни Междуречья. Почти во всех случаях власти действовали по одинаковой схеме: в самом начале мужчин отделяли от женщин и детей и при первом же удобном случае расправлялись с ними. Женщин и детей отправляли дальше: в дороге многие погибали от голода и болезней. Колонны постоянно подвергались нападениям курдов, девушек похищали или просто покупали у конвоиров, тех, кто пытался сопротивляться, убивали не раздумывая. До места назначения доходила лишь малая часть депортируемых, но и их ждала смерть от голода, жажды, болезней.

Имущество армян поначалу просто разворовывалось местными властями, жандармами и соседями-мусульманами, однако вскоре младотурки ввели строгий учет награбленного. Часть имущества раздавалась исполнителям резни, часть продавалась на аукционах, вырученные средства направлялись в Константинополь лидерам Иттихада. В результате сформировалась целая прослойка турецкой национальной элиты, обогатившаяся за счет экспроприации имущества армян. Операцией по уничтожению армян руководил лично Талаат-паша, министр внутренних дел Османской империи.

Неся тяжелые потери на фронтах, турки продолжали «решать» армянский вопрос с таким фанатичным остервенением, как будто не было на тот момент для Османской империи ничего более важного.

В течение 1917 г. положение на Кавказском фронте складывалось не в пользу русских. Февральская революция в России, неудачи на Восточном фронте, активная работа большевистских эмиссаров по разложению армии делали свое дело. После Октябрьского переворота русское военное командование вынуждено было подписать перемирие с турками. Воспользовавшись беспорядочным отходом русских войск, в феврале 1918 г. турецкие войска взяли Эрзрум, Карс и дошли до Батума. Начавшие было возвращаться с Кавказа беженцы опять попали под удар: наступающие турки беспощадно истребляли всех попадавшихся на пути армян и ассирийцев. Единственным препятствием, хоть как-то сдерживающим продвижение турок, были армянские добровольческие отряды, прикрывающие отход тысяч беженцев. После взятия турками Александрополя (ныне Гюмри) турецкая армия разделилась: часть продолжила наступление в направлении Эривани, другая часть стала двигаться в сторону Каракилиса.

В последнюю декаду мая 1918 г. под вопросом было само существование армянского народа. По всей Армении без умолку звонили колокола, призывая народ к оружию. Были забыты партийные распри и внутренние противоречия. Кадровые офицеры царской армии и гайдуки, крестьяне и интеллигенция, сплоченные яростью и отчаянием, наносили противнику удар за ударом, сбрасывая со своих плеч столетия позора и поражений.

28 мая Армянский национальный совет объявил о создании независимой Армянской республики, а 4 июня турецкая делегация на переговорах в Батуми признала независимость Армении в тех территориальных пределах, которые оставались под контролем армянских сил.

Потерпев поражение в Армении, турки тем не менее вознамерились присоединить к Османской империи Азербайджан, для чего в первую очередь требовалось взять Баку, находящийся во власти Советов. По прошествии почти трех месяцев тяжелых боев турецкая армия стояла на подступах к городу. Штурм Баку вылился в резню армянского населения, в которой по самым осторожным оценкам погибло около 10 000 человек.

Несмотря на продвижение турок в Закавказье, в целом положение Османской империи было отчаянным. Британские войска продолжали теснить турок в Палестине и Сирии, а союзники турок немцы отступали во Франции. Капитуляция Болгарии 30 сентября 1918 г. фактически означала поражение Турции: лишенным связи с Германией и Австро-Венгрией туркам тоже оставалось только сложить оружие. Через месяц после падения Болгарии турецкое правительство подписало со странами Антанты Мудросское перемирие, по которому, среди прочего, турецкая сторона обязывалась вернуть депортированных армян, вывести войска из Закавказья и Киликии.