На страницах монастырских вкладных книг кирилловские монахи записали, что 12 ноября 1588 г. в их обитель прибыл пристав князь Туренин, а 28 ноября этот пристав внес большое денежное пожертвование на помин души князя Ивана Шуйского. «А корм на преставление его (князя Шуйского. — Р.С.), — отметили старцы, — ноября в 16 день». Очевидно, Туренин не мог пожертвовать деньги на опального без прямого царского повеления. Чтобы снестись с Москвой, ему нужен был самое малое месяц. Следовательно, распоряжение из столицы он не мог получить раньше середины декабря. Как же случилось, что Туренин «упокоил» душу опального в ноябре, на 12-й день после его кончины? Неизбежно предположение, что правитель поручил Туренину не только привезти Шуйского на Бслоозеро, но и убить его.

По словам псковского летописца, Борис «утуши сеном» бывшего опекуна. Аналогичные сведения сообщает англичанин Горсей. Боярина удушили «дымом от зажженного сырого сена и жнива». Самый способ казни свидетельствовал о том, что Борис старался убрать соперника без лишнего шума. В тех же целях был затеян маскарад с пострижением.

Казнь Шуйского можно назвать поистине «благочестивым» убийством. Московские государи перед кончиной обычно надевали иноческое платье. Не всем это удавалось. Грозный сподобился пострижения уже после того, как испустил дух. По понятиям людей того времени, «ангельский образ» облегчал потустороннюю жизнь.

Сколь бы критической ни казалась ситуация, убийство Шуйского было продиктовано не трезвым политическим расчетом, а чувством страха. Пострижение регента покончило с его светской карьерой, ибо в мир он мог вернуться лишь расстригой. По словам Горсея, все оплакивали знаменитого воеводу. Репутация Годунова была загублена окончательно. Отныне любую смерть, любую беду молва мгновенно приписывала его злой воле.

Признанным главой антигодуновского заговора был Андрей Шуйский, но его казнь была отсрочена на год. Согласно семейным преданиям, князя Андрея умертвили в тюрьме 8 июня 1589 г. Его палачом стал стрелецкий голова Смирной Маматов. Местом гибели боярина называют разные места, включая Буй-город, Каргополь и Самару. Дата смерти не поддается проверке.

Вместе с Шуйскими от гонений Годунова пострадали многие знатные лица. В качестве их главных сообщников летописи называют князей Татевых-Стародубских. Подобно Шуйским, Татевы принадлежали к суздальской знати. В самом начале розыска об измене Шуйских боярин Петр Татев принял постриг в Троице-Сергиевом монастыре (12 сентября 1586 г.). Князь Иван Андреевич Татев был сослан в Астрахань и заточен в тюрьму. Всего за месяц до пострижения Татева монашеский куколь надел думный дворянин Михаил Безнин, добившийся больших успехов по службе.

Наряду с Шуйскими гонениям подверглись семьи, принадлежавшие к первостатейной старомосковской знати, — Шереметевы и Колычевы. Известного воеводу Ивана Крюка-Колычева в опале увезли в Нижний Новгород и посадили в каменную тюрьму. Боярин Федор Шереметев побывал в польском плену и присягал там на верность Баторию. В 1588 г. он был послан с ратными людьми в Казань, а через год ушел в монастырь. Боярина обвиняли в том, что он «с князем Иваном Петровичем Шуйским государю царю Федору изменял».

Среди сообщников Шуйских источники называют дворян — Андрея Быкасова и князей Урусовых. По преданию, в связи с делом Шуйских попал в монастырь ростовский сын боярский Аверкий (Авраамий) Палицын, знаменитый впоследствии писатель Смутного времени.

Московские власти многократно подчеркивали вину «торговых мужиков», которые «поворовали» и «не в свойское дело вступилися».