Сам Нельсон после Абукира сильно страдал от почти непрерывных головных болей — следствия перенесенного ранения. Успокоительные помогали мало.

До середины августа он держал свою эскадру в Абукирском заливе. Повреждения кораблей были столь серьезны, что ни один из них не выдержал бы перехода морем. Материал для починки добывали тут же — с разбитых французских кораблей.

Надо было подлататься хотя бы до той степени, чтобы добраться до Неаполя или Гибралтара. Ни о каком продолжении боевых действий речи быть уже не могло. Разбив противника, английская эскадра сама пришла в состояние полнейшей негодности и беспомощности. Если бы сейчас в Абукир завернул неприятельский отряд хотя бы фрегатов, ему было бы чем поживиться. Но у французов не было теперь даже и этого. Помимо всего Нельсон не оставлял надежды снять с мели французские линейные корабли, привести их в порядок и взять с собой. Призовой фонд плененного корабля намного превышал те деньги, что причитались за уничтоженный корабль.

15 августа к Нельсону наконец-то прибыли присланные Сент-Винсентом фрегаты. Они доставили приказ главнокомандующего: немедленно следовать в северо-западную часть Средиземного моря. Как ни сокрушался Нельсон, но пришлось сжечь три еще не готовых к плаванию и стоящих на мели французских линейных корабля. Бóльшую часть фрегатов он оставил для блокады Египта, сам же с остальной эскадрой 19 августа вышел в море.

На траверзе Апеннин эскадра разделилась: основная ее часть с шестью захваченными французскими линейными кораблями и пленными под началом Трубриджа взяла курс на Гибралтар, Нельсон с тремя наиболее поврежденными кораблями завернул в Неаполь, так как боялся, что до Гибралтара они просто не дойдут.

Штормов, к радости англичан, за время следования не было, но ветры дули большей частью встречные, а это сильно замедляло ход. Нельсон к этому времени почти слег в кровать и только изредка показывался наверху. Сказывались и ранение, и сверхчеловеческое напряжение последних месяцев. Корабельные врачи советовали контр-адмиралу немедленно взять отпуск и отправиться для основательного лечения в метрополию. Сам Нельсон писал графу Сент-Винсенту: "Моя голова раскалывается, раскалывается, раскалывается…"

В Неаполе он рассчитывал, используя расположение Фердинанда и Марии Каролины и влияние Гамильтона, заняться ремонтом кораблей, лечением и отдыхом, управиться со всем за одну-две недели, а затем догонять свою эскадру. Увы, он даже не мог себе представить, какая встреча ожидает его в Неаполе, и уж тем более не предполагал, что начинается совершенно новый период его жизни.

Все биографы Нельсона будут отмечать эти два года его жизни как особый этап. Одни будут считать его наиболее бесславным и противоречивым, другие, наоборот, наиболее плодотворным и счастливым.

11 (22) сентября 1798 года эскадра Нельсона, ведомая разбитым "Вэнгардом", вошла в воды Неаполитанского залива. Победителей Абукира встречали как настоящих героев.

Навстречу медленно идущим кораблям устремилась целая карнавальная флотилия мелких Судов. Впереди остальных спешил сверкающий золотом отделки гребной катер самого короля. Вторым — ослепительно-белый катер английского посла, на корме которого, словно античная статуя, восседала в платье из белого муслина, расшитого якорями, Эмма Гамильтон. Наступал ее звездный час. Оркестры гремели "Правь, Британия морями!" и "Боже, храни короля". С "Вэнгарда" гремел орудийный салют из двадцати одного залпа.

Любопытное описание прибытия Нельсона оставил потомкам российский посланник в Неаполе В. В. Мусин-Пушкин-Брюс: "Состояние, в котором находился "Вэнгард" касательно до мачт, было несравненно хуже, нежели то, в котором были пришедшие четыре дня прежде его "Александер" и "Куллоден". Нижние части большой мачты и бизани да фок-мачта составляли весь остаток снастей корабля сего.