16 мая французский флот в составе двадцати двух линейных кораблей и большого количества малых судов покинул Тулон.

Именно это обстоятельство помешало Нельсону отправиться на покорение Неаполя.

Что касается нового главнокомандующего английским флотом на Средиземном море, то он действовал столь же неудачно, как и его предшественник. Вместо того чтобы надежно блокировать испанцев в Картахене и дать бой французам, вице-адмирал Кейт не торопясь направился к Тулону. Когда же он туда подошел, французский флот уже покинул порт.

В этом походе Нельсону явно не повезло. Прикинув все "за" и "против", он решает, что франко-испанский флот будет прорываться в Египет, а потому занимает указанную ему позицию западнее Сицилии, перекрыв самый узкий проход из западной части моря в восточную и разослав дозорные фрегаты. Несколько судов Нельсон отправил на поиски эскадры Ушакова, чтобы объединить союзные силы, но те ее не нашли.

К большому неудовольствию Нельсона, старшим адмиралом на Средиземном море Сент-Винсентом был определен не он, а вице-адмирал Кейт и в случае обнаружения противника Нельсону следовало поступать в его подчинение.

Отправившись во главе эскадры в район острова Маритимо, Нельсон две недели безрезультатно ждет французов. Почти каждый день специальные почтовые пакетботы доставляют ему послания от возлюбленной. Из письма Эммы Гамильтон от 12 июня 1799 года: "Любезный лорд! Я провела вечер у королевы. Она очень несчастна! Она говорит, что народ неаполитанский вполне предан королю, однако только одна эскадра Нельсона может восстановить в Неаполе спокойствие и покорность законной власти. Вследствие того королева просит, умоляет, заклинает Вас, любезный лорд, если только возможно, отправиться в Неаполь. Ради бога, подумайте об этом и сделайте то, что просит королева. Если Вы позволите, мы отправимся вместе с Вами. Сэр Уильям нездоров, я также чувствую себя дурно: это путешествие будет нам полезно. Да благословит Вас Бог!"

21 июня терпению Нельсона приходит конец и он возвращается в Палермо к Эмме.

Не найдя флот Брюи у Тулона, вице-адмирал Кейт решает сторожить его у Минорки, а потому, готовясь к генеральному сражению, приказывает Нельсону прислать ему несколько линейных кораблей. Но тот игнорирует приказ, ссылаясь на то, что вынужден отправить часть эскадры к итальянскому берегу для действий против тамошних республиканцев. К счастью для Нельсона, французы у Минорки не появились, но Кейт все же написал жалобу на неподчинение ему контр-адмирала. На некоторое время его жалобу положили под сукно: сначала надо было разобраться, куда же улизнули французы.

Тем временем изменившаяся политическая обстановка в Италии в связи с прибытием туда Суворова изменила и планы Брюи. Теперь флот было решено использовать для эвакуации французских войск из Ливорно и доставки подкрепления генералу Моро в Геную. Уже в море Брюи получил распоряжение Директории соединиться с испанцами, следовать к Мальте, деблокировать ее, а потом спешить в Александрию, чтобы вывезти оттуда хотя бы часть блокированной там армии. Получил Брюи и пакет для генерала Бонапарта, которому приказывалось срочно прибыть в Италию, чтобы принять командование французскими войсками.

25 мая Брюи прибыл в Геную. Высадив подкрепление для генерала Моро, он вышел в море и в ночной темноте благополучно разошелся с английской эскадрой Кейта. 12 июня Брюи был уже в Картахене, где успешно соединился с испанским флотом. Теперь под флагом Брюи было уже сорок линейных кораблей. Тем не менее от плавания в Египет осторожный Брюи отказался и послал туда лишь несколько легких фрегатов. Он также предложил испанскому командующему выманить англичан из Средиземного моря, после чего осуществить экспедицию на Мальту, но испанский адмирал, боясь блокады Картахены, предложения не принял.