Но не только надежды на добычу и призовые деньги привлекали людей к Нельсону, и они вряд ли превратили бы корабль в эффективную боевую машину. Нельсон верил, что здоровье и боеспособность идут рука об руку. В 1804 году он писал одному из друзей: "Офицеру проще сохранить своих матросов здоровыми, чем врачу спасать их". Эта идея была не нова. Дальновидные командиры, вроде Сент-Винсента, настаивали на выдаче разнообразной пищи, особенно лука и лимонов, чтобы сохранить здоровье экипажа. Лорд Хау сумел добиться более тесных отношений между офицерами и матросами, разбив экипажи на дивизионы под командой лейтенантов, а дивизионы на группы, которыми командовали мичманы. Офицеры полностью отвечали за состояние своих матросов. И тем не менее забота Нельсона о своих матросах все равно выглядит исключительной. Доктор Гиллеспи, который служил медиком на флоте Нельсона во время двухлетней кампании в Средиземном море и Вест-Индии, которая завершилась Трафальгаром, сообщал, что из семи тысяч матросов и морских пехотинцев, находившихся на борту кораблей, от болезней умерли не более 100. Гиллеспи верил, что такое состояние здоровья "просто не имеет прецедентов для эскадр, находящихся на заморских станциях". Он приписывал это отоплению и вентиляции кубриков и "постоянной активности и движению флота". Нельсон отличался от остальных командиров своими необычными способами укрепления морального духа экипажей во времена, когда для под держания дисциплины широко использовались плети.

…Пьянство и уклонение от работ ни в одном из флотов не были распространены так мало, как в этом. Бодрость матросов поддерживалась музыкой, плясками и театральными представлениями. Пример, который подавал командующий на "Виктори", может во многих случаях быть использован для сохранения здоровья моряков.

Забота, которую Нельсон проявлял о своих матросах, не слишком смягчала тяготы морской службы. Отчасти эта забота объяснялась и стремлением поддержать боеготовность и дисциплину. Нельсон не был слепым приверженцем уставов. Хотя на его кораблях ни разу не происходили мятежи, он аплодировал жестокости Сент-Винсента, повесившего зачинщиков мятежа на "Сент-Джордже".

"Наша дисциплина — наше спасение", — комментировал Нельсон. В качестве адмирала Нельсон оставил поддержание дисциплины на попечение капитанов кораблей. Эдвард Берри, его флаг-капитан в Абукирском сражении, перенял манеру поведения адмирала и обращался к порке только в самых крайних случаях. Однако Нельсона, когда он держал флаг на "Виктори" перед Трафальгарским сражением, не возмущало то, что Харди, наоборот, довольно часто использует плети, чтобы поддержать дисциплину.

В качестве капитана Нельсон редко приказывал пороть матросов. Его внимание и уважение, которое ощущали не только офицеры, но и матросы, были вполне достаточны для поддержания дисциплины на кораблях, которыми он командовал. Хотя на посту командующего флотом гораздо труднее заслужить такое же доверие и уважение, репутация Нельсона говорила сама за себя. Поэтому экипажи его кораблей вели себя гораздо спокойнее, чем у других адмиралов королевского флота".

Залог преданности команды Нельсон видел прежде всего в неустанной заботе о ней. Именно поэтому на протяжении долгих месяцев его крейсерств на кораблях Нельсона почти никогда не было больных. Своих подчиненных он рассматривал исключительно как свою семью, а себя — как отца этого семейства. А потому, даже давая наставление перед боем, он всегда делал упор на проявление чувства братства у своих подчиненных.