Тогда же Борис совершает неслыханное дотоле дело: уничтожает завещание Грозного царя, которое определяло статус царевича Дмитрия, как наследника престола. Одно-временно с исчезновением завещания умирает единственный человек, который мог бы восстановить его текст - переписчик завещания и бывший личный секретарь Иоанна IV, дьяк Савва Фролов. Он скоропостижно скончался при невыясненных обстоятельствах. Примерно в это же время Годунов разослал указ, запрещающий упоминать на богослужении имя Дмитрия на том основании, что он, якобы, рожден в шестом браке, незаконном по церковным канонам.

Смерть Дмитрия в этом ряду выглядит как логическое завершение череды событий. Следствие по Углическому делу длилось более года и закончилось разгромом Нагих: мать убитого царевича насильно постригли в монастырь, ее братья попали в тюрьму, многих слуг казнили. Всех жителей Углича выслали в сибирский город Пелым: оттуда они уже не могли рассказать правду.

Ничто теперь не сдерживало стремления Бориса к власти. В июле 1591 года Крымская Орда, устрашенная Божественным знамением, не принимая боя, бежала от стен Москвы и Борис не преминул этим воспользоваться. Хотя Годунов ничем не отличился на поле боя (а по некоторым данным и вовсе на нем не появлялся), он получил многочисленные награды и присоединил к званию конюшего титул "царского слуги" - наиболее почетный и очень редко присваиваемый за выдающиеся заслуги. Но этого ему было мало и вскоре Борис наградил себя еще одним, неслыханным и невозможным при живом самодержце титулом: правителя государства. Теперь Годунова официально величали "царским шурином и правителем, слугой и конюшим боярином и дворовым воеводой и содержателем великих государств - царства Казанского и Астраханского".

Как метко заметил Р. Г. Скрынников, смысл этих титулов был понятен всем: Годунов объявил себя единоличным правителем государства и сам царь находился у него в полном подчинении. Боярская Дума заполнялась родней правителя, он контролировал вес важнейшие ведомства и посты в государстве. За несколько лет Борис превратился в самого богатого человека России: его владения приносили до 100.000 рублей ежегодно, что составляло 10% от государствен-ного дохода. Он мог выставить в поле до 100.000 бойцов. Приняв самое активное участие в учреждении Патриаршества, Борис заручился поддержкой высшей церковной иерархии. Чувствуя за спиной церковь, деньги и оружие, Годунов был готов сделать последний шаг к трону.

6 января 1598 года умер царь Федор, не ос-тавив ни наследника, ни завещания. Подданным предложили присягнуть патриарху Иову, православной вере, царице Ирине и правителю Борису и его детям! Но взять трон с налету Годунову не удалось: знать и народ не захотели подчиниться самозванцу. По словам современников, все выражали возмущение "шайкой Годуновых". Толпа посадских ворвалась в Кремль и вынудила Ирину Годунову объявить об уходе в монастырь. Вокруг опустевшего трона завязалась ожесточенная борьба между Годуновыми, Мстиславскими и Романовыми. Никто из них не имел достаточно сил для победы над соперниками, и к концу января все осознали необходимость созвать для избрания новой династии Земский собор. Не все депутаты смогли на него добраться: Борис выставил на дорогах заставы, пропускавшие в столицу только верных ему людей.

В Москве началась избирательная кампания. Рейтинг Бориса был самый низкий - в народе ходили упорные слухи, что он отравил царя Федора.