Вскоре из столицы командованию Северного флота поступило новое распоряжение: в связи с вражескими диверсиями в тылу объявить военное положение на базах, в укрепленных районах и секторах; установить строжайший режим пропусков; принять меры, необходимые для охраны тыла, особенно средств связи и техники.

Слабым местом была авиация — из 116 самолетов примерно половина были старые, неспособные противостоять в воздухе более совершенным самолетам, управляемым немецкими асами. Используя свое преимущество в воздухе, немцы совершали налеты на корабли. Менее чем через месяц после начала боевых действий, 20 июля 1941 года, германские пикирующие бомбардировщики потопили эсминец «Стремительный».

В схватку с немцами вступили и подводники. А. Г. Головко так писал об их действиях: «К ним успех пришел далеко не сразу, несмотря на решимость и отвагу командиров и экипажей. Этих качеств было еще недостаточно, чтобы отдельные удачи сменились постоянным успехом. Решали опыт, доскональная изученность театра и приемов противника, знание препятствий, и природных, и специально подготовленных гитлеровцами на том или ином участке, искусство поиска, мастерство при выборе момента и направления торпедной атаки плюс спокойная воинская дерзость, ошеломляющая врага». Советские подводники, входившие в состав Северного флота, предпринимали не только торпедные, но и артиллерийские атаки, а также ставили мины у вражеских баз.

Воздушное противостояние

В первый день войны немецкие войска и флот не вели наступательных действий на море и суше против Северного флота и 14-й армии, ограничившись лишь авианалетами. Как отмечает в своих воспоминаниях Головко, «весь день фашистские самолеты, одиночные и группами, стремятся к району Кольского залива и Мурманска. Их перехватывают и поворачивают вспять наши истребители. Один из гитлеровских бомбардировщиков перехвачен у Рыбачьего летчиками-истребителями Сафоновым и Воловиковым. Били они его как будто неплохо, он задымил, значит, имел прямое попадание, но все-таки оторвался и ушел. Оба летчика ручаются, что вражеский стрелок убит, но сказать, что же сталось с фашистским самолетом, не могут. А раз так, нельзя и заносить его на чей-либо счет».

Между тем флотская разведка и разведка 14-й армии докладывали командованию Северного флота, что неприятель через Киркенес и фиорды подтягивает новые части и боевую технику из Северной Норвегии и увеличивает число самолетов на близлежащих к советской границе аэродромах. Помимо этого, на границе с Советским Союзом происходило сосредоточение частей финской армии. По мнению командования Северного флота, немцы могли концентрировать силы, чтобы отрезать Кольский полуостров от остальной страны и захватить подступы к Мурманску и Полярному с моря. А. Г. Головко обратился с просьбой к командарму 14-й армии генерал-лейтенанту Валериану Александровичу Фролову (командовал армией с 25 октября 1939 года по 30 августа 1941 года) нанести совместно с авиацией Северного флота удар по фиордам и по дороге Тана-фиорд — Киркенес, по которой немцы доставляют вооружение и перевозят подкрепления, но получил отказ. По словам командарма 14-й, армейский полк скоростных бомбардировщиков нацелен в другом направлении — на защиту Кандалакши.

На отправленный в начале войны доклад Головко наркому Н. Г. Кузнецову с просьбой о помощи авиацией вскоре также последовал отказ: положение на Балтике и на Черном море еще опаснее, поэтому Северному флоту пока придется обходиться своими силами. Как отметил в своих записях Головко, нарком дал указания, что «нам надлежит стараться уничтожать вражескую авиацию на ее аэродромах ударами с воздуха и действовать подводными лодками у Варангер-фиорда, не позволяя противнику подвозить подкрепления. Финские войска не трогать, поскольку Финляндия с нами не воюет. Но как понимать и расценивать факт предоставления Финляндией своей территории гитлеровским войскам, ведущим войну против Советского Союза?»

Управление 1-й смешанной авиационной дивизии, в состав которой входили 145-, 147-, 152-й истребительные авиационные полки и 137-й скоростной бомбардировочный авиационный полк, дислоцировалось в Мурманске.