Изучив данные, переданные Фуксом, Курчатов и Харитон решили использовать их при конструировании первой советской атомной бомбы. Сталин хотел получить ее как можно скорее, поэтому имело смысл воспользоваться американской конструкцией, ведь ее описание было под рукой. Конечно, все, что указывалось в сообщении, следовало проверить: проделать те же расчеты, провести всю теоретическую и экспериментальную работу.

Не всем нравилось то, как были организованы работы по реализации проекта. 3 октября 1945 года Пётр Капица направил Иосифу Сталину письмо, в котором просил позволить ему выйти из состава Спецкомитета из-за «недопустимого» отношения Берии к ученым. Впрочем, по мнению Капицы, предметом разногласий были не хорошие манеры, а более важный момент, касающийся положения ученых в обществе. «Было время, – писал Капица, – когда рядом с императором стоял патриарх, тогда церковь была носителем культуры. Церковь отживает, патриархи вышли в тираж, но в стране без идейных руководителей не обойтись». Только наука и ученые, по мнению Капицы, могли бы стать фундаментом технического, экономического и политического прогресса. «Поэтому уже пора товарищам типа тов. Берия начать учиться уважению к ученым». Пока еще не пришло время «тесного и плодотворного сотрудничества политических сил с учеными», – заключал Капица. И так как он не мог быть патриархом, то предпочел бы «в монахах посидеть» и уйти из Спецкомитета.

Сталин не ответил. 25 ноября Капица написал снова, изложив более полно свои критические замечания по организации работ. Путь к созданию атомной бомбы, который был выбран, писал он, не самый быстрый и дешевый. США потратили два миллиарда долларов, чтобы создать самое мощное оружие войны и разрушения, что соответствует примерно тридцати миллиардам рублей. Советский Союз вряд ли сможет понести такое бремя в ближайшие два-три года, во время восстановления народного хозяйства. Советский Союз имеет только одно преимущество, писал Капица, он знает, что бомбу можно сделать, тогда как американцы шли на риск. Но советская промышленность слабее, она исковеркана и разрушена войной, в СССР меньше ученых, а условия их труда хуже, американская научная база и индустрия научного приборостроения сильнее. Эти препятствия не означают, что Советский Союз должен сложить оружие. «Хоть и тяжеловато будет, – писал Капица, – но, во всяком случае, попробовать надо скоро и дешево создать А[томную] Б[омбу]. Но не таким путем, как мы идем сейчас, он совсем безалаберен и без плана. <…> Мы хотим перепробовать все, что делали американцы, а не пытаемся идти своим путем. Мы позабыли, что идти американским путем нам не по карману и долго».

В качестве альтернативы Пётр Капица предложил свой собственный подход. Следует составить двухлетнюю программу исследований, направленных на поиск более дешевого и быстрого пути создания бомбы. За это время необходимо подготовить индустриальную базу. Научная база в этот период также должна быть усилена за счет улучшения благосостояния ученых, повышения уровня высшего образования и организации производства приборов и химических реактивов. Ученые и инженеры с большим энтузиазмом занимаются проблемами, связанными с бомбой, писал Капица, но этот энтузиазм нужно использовать должным образом. Главнокомандующий, который хочет взять крепость, может получать множество советов, как это сделать, но он не станет приказывать генералам штурмовать крепость по своему усмотрению. Он должен выбрать один план и одного генерала, который его выполнит. Вот каким образом Советский Союз должен решать проблему создания бомбы: сконцентрировать все свои усилия на узком участке фронта и на верно выбранном направлении.