Самой важной особой в новой администрации стал 25-летний Лев Нарышкин, возглавивший Посольский приказ, брат Натальи Кирилловны (генерал Патрик Гордон называет боярина «первым министром»). Родственник царицы Тихон Стрешнев получил Разрядный приказ, ведавший государственными назначениями; Петру Лопухину, дяде молодой царицы Евдокии, досталось управление делами царского двора; возвысился двоюродный брат Натальи Кирилловны окольничий, а затем и боярин Иван Головкин – иными словами, это было правительство родственников. Все прочие должностные лица, по выражению Куракина, остались «без всякаго повоире [pouvoir – власти] в консилии или в палате токмо были спектакулеми [зрителями]». Самый толковый деятель из окружения «младшего царя», сыгравший ключевую роль в перевороте, – Борис Голицын был не связан с Нарышкиными ни родством, ни свойством и потому оказался всего лишь главой приказа Казанского дворца (генерал-губернатором Поволжья).

При равнодушном Петре и больном Иване главой государства фактически сделалась бездеятельная царица Наталья, мало во что вмешивавшаяся. Ключевский пишет: «Всплыли наверх все эти Нарышкины, Стрешневы, Лопухины, цеплявшиеся за неумную царицу». Современник Куракин сообщает: «Правление оной царицы Натальи Кирилловны было весьма непорядочное, и недовольное народу, и обидимое. И в то время началось неправое правление от судей, и мздоимство великое, и кража государственная».

Дела пошли еще хуже, чем при Софье и Голицыне. Замерла внешнеполитическая деятельность, в совершенный упадок пришла регулярная армия. Правительство не желало расходовать деньги на содержание полков «иноземного строя», их число резко сократилось. При Василии Голицыне страна держала восемьдесят тысяч солдат, а всего пять лет спустя, ко времени Азовских походов, их останется тысяч тридцать. Войско вновь, как в шестнадцатом столетии, теперь в основном состояло из мало на что годного дворянского ополчения и казачьих отрядов.

Вместо реформ страна, наоборот, откатилась назад. Всё вновь обустроилось по-старинному. Большое влияние приобрел патриарх Иоаким, человек суровых, консервативных взглядов. Он не любил иностранцев и боролся с их засилием, выслал из России иезуитов, стал жечь на кострах еретиков и «колдунов». В 1690 году Иоаким умер, понадобился новый глава церкви. Петр был за кандидатуру псковского митрополита Маркела, слывшего человеком просвещенным, но Наталья Кирилловна и ее родственники решили, что у Маркела «слишком много учености» (пишет Гордон), и поставили патриархом казанского митрополита Адриана «ради его невежества и простоты». В это время, стало быть, Петр никаким влиянием еще не пользовался и настоять на своем не умел.

Царь даже не переселился в кремлевский дворец, а продолжал оставаться в Преображенском, где ему жилось вольготней, и вовсю предавался забавам. Разница состояла только в том, что теперь он мог это делать с меньшими ограничениями и бóльшим размахом.

Например, Петр стал активно общаться с иностранцами, да и те, в свою очередь, уже не опасаясь вызвать неудовольствие Софьи, вовсю старались угодить юному царю. Это сближение происходило вовсе не так быстро, как изображают в исторических романах и фильмах. Поначалу Петр все-таки был вынужден соблюдать определенные правила. Он стал одеваться по-европейски, «от башмаков и чулок до парика», лишь после смерти сурового Иоакима, да и в гостях у иностранца (генерала Гордона) впервые побывал лишь через месяц после кончины патриарха – в апреле 1690 года. Со временем визиты в Немецкую слободу участились. Тогда же в жизни Петра появился Франц Лефорт, русский офицер женевского происхождения.