Неудивительно, что очень скоро Лернер вошел в пятерку наиболее популярных лиц среди иммигрантов из России. Однако уже на следующий год израильские власти завели дело на Лернера, поскольку один из его бывших партнеров в России подал на Лернера в суд за обман. «Мы вышли на биржу и стали активно покупать акции одного из банков, - рассказывал Лернер в одном из интервью. - Израильские власти увидели, что ещё чуть-чуть - и у нас будет свой банк, а это для них смертоубийство, поскольку по вкладам мы выплачивали гораздо большие проценты, чем израильские банки. Поэтому Меня в 1997 году арестовали».

С помощью правоохранительных ведомств Европы и Соединенных Штатов израильтяне получили информацию о цепочке фирм, созданных Лернером по всему миру, через которые прокручивались значительные средства. Операции компаний Лернера в различных странах, использовавшиеся в схеме отмывания денег, были сосредоточены на его банке на Кипре. Этот банк отмывал не только российские криминальные деньги, но также обслуживал итальянские мафиозные структуры и колумбийские картели. Лернер использовал фальшивые контракты для получения ссуд из других российских банков.

Вполне возможно, шеф внутренней безопасности Израиля Моше Шахал не без оснований заявлял, что «русская мафия» пытается контролировать Израиль. К примеру, стало известно, что Лернер передал 100 тыс. долларов бывшему советскому диссиденту, ставшему в Израиле видным политиком, Натану Щаранскому.

В мае 1997 года в аэропорту «Бен-Гурион» Лернер, намеревавшийся вылететь в США, был арестован. На его шести виллах и в трех квартирах были обнаружены ещё 400 тыс. долларов наличными, незарегистрированная винтовка и поддельные паспорта. Его обвиняли в мошенничестве и взяточничестве. Российские власти также обвиняли Лернера в том, что он украл 85 млн долларов.

Впрочем, от всех первоначальных подозрений осталось только два основных: подозрение в проведении незаконных банковских операций и сдача ложных финансовых отчетов. В обмен на признание виновным по тринадцати пунктам обвинители прекратили расследование убийства и попытки убийства, оштрафовали Лернера на 5 млн шекелей (1,4 млн долларов) и посадил и его на шесть лет. После выхода на свободу Лернер говорил, что трудится «политико-экономическим обозревателем» в нескольких местных газетах. Одновременно он устроился консультантом в одну из крупнейших израильских компаний «Pacific Petroleum Israel Ltd».

Григория Лернера вновь обвинили в мошенничестве в Израиле в 2004 году По версии следствия, он взял у нескольких деловых партнеров 1 млн долларов под поставки по демпинговым ценам нефтепродуктов и газового конденсата, однако так и не выполнил обещания. Как утверждал сам бизнесмен, сделка сорвалась из-за событий, связанных с ЮКОСом. Предоплату за нефтепродукты и конденсат он якобы перечислил нефтетрейдеру ЮКОСа за рубежом - компании «Petroval S.A.», но на её счета по требованию Генпрокуратуры России был наложен арест.

Лернер был арестован, однако позже ему изменили меру пресечения на домашний арест. В феврале 2006 года его признал и виновным в правонарушениях, связанных с отмыванием денег, подделкой документов, использованием фальсифицированной документации и мошенничеством. В рамках юридической сделки он сознался в этих преступлениях и пообещал возместить истцам убытки. Суд отложил дальнейшие разбирательства по этому делу до мая 2006 года, чтобы позволить Григорию Лернеру собрать необходимую сумму для возврата денег истцам.