Сам Унгерн, осуществив мечту Семенова о должности «главковерха» при Богдо-гэгэне, стал главнокомандующим Монгольской армией, которая пока что состояла из Азиатской дивизии и отрядов монгольских князей. Формально главком подчинялся военному министру, но, разумеется, никому в голову не приходило, что Максаржав будет отдавать Унгерну приказы, а тот — послушно их выполнять. На первых порах барон сосредоточил в своих руках всю полноту военной и гражданской власти. «Богдо-гэгэн обособился в своем дворце, остальная Урга жила и дышала только Унгерном», — вспоминал Першин.

Экономическую политику правительства направляли двое русских советников — тесть Волкова, барон Витте, и бывший глава ургинской конторы Центросоюза Иван Лавров. После взятия Урги он попал в проскрипционные списки, но ему повезло. Когда его вели на расстрел мимо штаба дивизии, он вбежал туда на глазах оторопевших от такой наглости конвойных и, наткнувшись на самого Унгерна, которого по близорукости не узнал (очки у него разбились при аресте), возмущенно заговорил с ним в повышенном тоне. Это его и спасло — барон ценил смелых людей. По другой версии, за Лаврова ходатайствали китайские коммерсанты, а также трое ургинских баронов — Витте, Тизенгаузен и Фитингоф, знавшие его как опытного финансиста. После беседы с ним Унгерн поручил ему помочь монголам в финансовой и налоговой неразберихе. Он настолько нуждался в профессиональном опыте Лаврова и Витте, что прислушивался к их просьбам за арестованных русских и даже евреев.

Уже к началу весны Лавров организовал выпуск первых монгольских ассигнаций. При расчетах они получили преимущество перед весовым серебром и перед серебряным китайским долларом, хотя их внешний вид оставлял желать лучшего. «Эти банкноты, — вспоминал Першин, — являли собой печальное зрелище. Напоминали они лубочные картинки, вышедшие из самой захудалой типографии, но монголам льстило, что на деньгах изображены их домашние животные». Купюру достоинством 10 янчанов (долларов) украшал баран, 15 — верблюд, 25 — бык, 50 — лошадь. Для обеспечения их золотом Лавров собирался возобновить разработку заброшенных золотых приисков в горах Хэнтея. Предполагались создание национального банка и чеканка монеты, о чем Унгерн мечтал еще в Даурии.

«На монгол я особенно не жал, — говорил он на допросе в плену, — и в их работу старался не вмешиваться. Помогал лишь советами, ибо они очень медлительны в своих действиях, и если ищешь пользы дела, то их приходится всегда раскачивать». Его советы часто носили ультимативный характер, но он искренне стремился к укреплению Монголии не только как базы Азиатской дивизии, но и как независимого государства. Даже Голубев, относившийся к нему резко отрицательно, признавал, что барон хотел видеть Монголию «правящей, а не униженной Востоком и Западом», ибо страна, «давшая Чингисхана», не может «сойти с политического горизонта, а должна постепенно приходить к прежнему величию».

Оссендовский, приписывая Унгерну роль европейского цивилизатора, сообщает, что барон приказал прорыть вдоль улиц сточные канавы, провел телефонную связь, наладил автобусное сообщение между центром Урги и Маймаченом, возводил мосты, строил ветеринарные лаборатории, школы и больницы. На самом деле он главным образом лишь восстанавливал разрушенное или пришедшее в упадок, для более солидных проектов у него не было времени. При нем, правда, бригады из пленных гаминов очистили сроду не знавшие метлы столичные улицы.