В период Русско-японской войны Военное министерство не справлялось должным образом с исполнением своих обязанностей, что оказало непосредственное и отрицательное влияние на ход боевых действий. Непродуманная система частных мобилизаций привела к тому, что действующая армия оказалась укомплектована наихудшим из возможных контингентов солдат. Отсутствие необходимого количества учебных частей, прямым виновником которого был Главный штаб, привело к тому, что запасные солдаты попадали в действующую армию без необходимой переподготовки. Военное министерство не смогло справиться с некомплектом офицерского состава и медицинских кадров, допускало грубые ошибки при решении организационных вопросов.

Недостаточное финансирование и плохая организация военной разведки повлекли за собой абсолютную неготовность к войне. Кроме того, пришлось лихорадочно менять все планы и расчеты Военного министерства.

Из-за дезорганизации в работе военной цензуры она не сумела предотвратить проникновение секретной информации на страницы печати, что создало на редкость выгодные условия для работы вражеской агентуры, а неэффективность нашей контрразведки обеспечила ей почти полную безнаказанность.

Армия, находясь в прямой зависимости от поставок оружия, боеприпасов и снаряжения из Европейской России (что в принципе характерно для всех войн России в XX веке), не получала оперативно того, что требовалось для успешного ведения боевых действий. Нельзя сказать, что Военное министерство проявило в этой области бездействие и халатность, но результаты его работы оставляли желать лучшего. Дело в том, что все принимаемые меры имели «догоняющий» характер и большую часть своей энергии Военному министерству приходилось тратить на наверстывание упущений мирного времени, что было невозможно сделать за столь короткий срок. В конечном счете действующую армию удалось вооружить лишь посредством изъятия неприкосновенных запасов войск, не участвующих в боевых действиях, что оставило Россию практически безоружной на ее европейских и азиатских границах.

Наиболее тяжелая ситуация сложилась в сфере снабжения войск обмундированием, снаряжением и продовольствием, что объяснялось недопониманием значения интендантства со стороны руководства Военного министерства и финансированием его по «остаточному» принципу. Даже в условиях военного времени интендантству приходилось закупать почти все с торгов по «наидешевейшей» цене, что привело к неимоверному затягиванию сроков поставок и низкому качеству предметов интендантского довольствия.

В то же время нельзя не отметить ряд положительных моментов в деятельности Военного министерства, например хорошую работу Управления военных сообщений, энергичную и эффективную борьбу с эпидемиями, предусмотрительность и добросовестность некоторых чиновников. Но, к сожалению, это лишь исключения из правила.

Таким образом, Военное министерство в период Русско-японской войны не сумело оперативно и эффективно, полностью и своевременно обеспечить потребности подведомственных ему учреждений (в нашем случае это главным образом действующая армия), поскольку для обеспечения эффективности его работы были необходимы:

а) достаточное и своевременное финансирование, четкое понимание условий и потребностей войны еще до ее начала; своевременное проведение подготовительных мероприятий;

б) рациональная организация управленческой структуры, быстрая перестройка ее самой и методов ее работы на военные рельсы;

в) тесные связи и взаимопомощь с другими государственными учреждениями, поддержка общественного мнения и патриотический подъем населения.