Директория встретила Бернадота с распростёртыми объятиями, не жалела в его адрес похвал и лести и даже обещала дать ему военное министерство. На беседе у военного министра В.Шерера Бернадот вместе с Ж.-Б. Клебером выражал возмущение газетной клеветой в адрес военных, но одновременно не одобрял и кампании в армиях по написанию адресов в поддержку Директории. 1 сентября Ш.-М. Талейран дал в честь Бернадота обед, на котором присутствовали генералы Ожеро, Ж.-А. Жюно (1771–1813), Ж. Ланн (1769–1809), куртизанка Тереза Тальен и мадам А.-Л. Жермен де Сталь (1766–1817) со своим любовником, писателем и политиком Бенжамином Констаном (1767–1830). Де Сталь и Констан потом станут друзьями, помощниками и советчиками Бернадота.

В первом письме Наполеону Бернадот сообщил о своём неодобрении как готовящейся вылазкой справа со слабым руководителем, каким был Пишегрю, так и вознёй слева в лагере якобинцев. Он, со своей стороны, приветствовал бы развитие в стране центристских тенденций.

На следующий день Ожеро был назначен комендантом Парижа. 27 августа состоялось торжественное вручение трофейных знамён Директории. С речью выступил Бернадот, произнёсший дежурные фразы о преданности Итальянской армии идеалам революции и выразивший надежду на то, что противоречия в стране улягутся сами собой. Генерал тщательно избегал выражений, которые свидетельствовали бы о вмешательстве военных в политику. И тут слово взял новый президент Директории Ляревелльер. Он так грубо напал на правых, что все слова Бернадота о примирении были тут же забыты, и в воздухе запахло настоящей войной. Бернадот, хотел он того или нет, предстал на этом сборище единомышленником Ляревелльера, тем более что сразу после церемонии со знамёнами директора Баррас и Рёбелль пригласили его к себе отпраздновать событие.

Бернадот неизбежно начал дрейфовать в сторону воинственных сторонников власти. 29 августа он выступил в газете Le Grondeur со статьёй, в которой снова подчеркнул свою лояльность к Директории и в резких тонах заклеймил её врагов. Во втором письме Наполеону его агрессивный тон по отношению к роялистам сохраняется. В то же время он категорически отказывается стать рядом с Ожеро — идея государственного переворота его по-прежнему не вдохновляет. В письме к Наполеону он выражает желание как можно быстрее покинуть Париж и вернуться в Италию. Отпуск оказался совсем не таким, каким он себе его представлял тремя неделями раньше.

4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и тот немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л.Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили "на сухую гильотину" — в ссылку во Французскую Гвиану, "вредные" партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.

Бернадот на три дня предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. В письме Наполеону он написал: "Если бы делу республики угрожала опасность, я конечно бы принял участие, но поскольку не было и намёка на такую катастрофу, я не думал, что мой долг махать ещё одним мечом в этом скоротечном деле, и так слишком военном по своему характеру". В этих словах чувствуется ирония и некоторая доля обиды. На кого? На Наполеона, который сделал ставку на Ожеро, а его использовал как простого курьера? На Директорию, не предложившую ему никакой роли в перевороте 18 фрюктидора? Или на себя и свою нерешительность?

Между тем члены Директории по отношению к Ожеро большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону.