Скоро Обзервационная и Швейцарская армии были всё-таки влиты в состав Дунайской, и в начале марта 1799 года Бернадот с Массена стали командовать флангами Журдана.

Война в Германии была проиграна. Та же участь выпала и на долю армии в Италии. Там А.В. Суворов по всем статьям переигрывал французов. Журдан подал в отставку, и всё командование в этом районе взял на себя сначала Эрнуф, а потом Массена. Примеру Журдана 9 апреля 1799 года последовал и Бернадот — у него снова заболела грудь и открылся кашель с кровохарканьем. В Париж он не вернулся, да его туда пока и не отпускали, а пока он написал военному министру письмо, в котором, в частности, не скрывая горечи и обиды, сообщал: "Я далёк от того, чтобы пытаться предугадать последствия мер, принятых Директорией. Я уважаю все власти, в том числе когда они даже ошибаются…" Оставив свое соединение на Колода, он уехал лечиться на воды в Симмерн, где стал гостем тестя своего помощника полковника Мэдона.

Между тем он узнал, что был избран от своего родного департамента Нижние Пиренеи в Совет пятисот. Напомнив о себе несколько раз военному министру и ссылаясь на некомпетентность местных немецких врачей, но, тем не менее, отдохнув и окрепнув в Симмерне, он с нетерпением ринулся в Париж.

Францией сверху донизу овладела апатия. Все критиковали правительство — Директорию, но никто ничего не хотел делать. Сама власть тоже была полностью парализована, и высшие чиновники с безразличием наблюдали за тем, как страна катится в пропасть. Недовольство властью было всеобщим. У всех на устах были новости о перевороте, даже Жозеф и Люсьен Бонапарты высказывались за это. В Париже Бернадот присоединился к неформальной группе оппозиционных генералов, в которую входили Жубер, Журдан, Брюн и др. Генералы критиковали некомпетентные действия правительства, головотяпство ее комиссаров в армиях и требовали смену руководства страной.

В итоге произошёл военный переворот от 30 прериаля (18 июня). В перевороте приняли участие политические силы самых разных оттенков и толков, объединённые ненавистью к прогнившей власти. По воспоминаниям Барраса, не последнюю роль в перевороте сыграл и Бернадот как командир 17-й (парижской) дивизии, хотя первую скрипку играл Жубер. Бернадот предпочёл остаться в тени.

Директория кооптировала в свой состав деятельного и способного аббата Эммануэля Жозефа Сиейеса (1748–1836), бывшего жирондиста и посла в Берлине, сумевшего избежать в эти бурные годы и ареста, и гильотины. Сиейес энергично взялся за реформу правительства, уволил Талейрана (двое честолюбцев-расстриг в одном правительстве вряд ли могли ужиться), который стал брать взятки почти открыто, дал пост министра полиции "мяснику из Лиона" Жозефу Фуше и ввёл в состав Директории трёх новых членов — Гохье, Рожера Дюко и генерала Мулена, усилив таким образом в ней якобинское влияние. Совершилась т. н. малая революция.

Основное внимание правительство Сиейеса должно было уделить армии и ведению войны. Благодаря влиянию Жозефа и Люсьена Бонапартов в Совете пятисот и своему вкладу в переворот, Бернадот получил предложение возглавить военное министерство. Баррас утверждал потом, что Бернадот был его кандидатом на этот пост, в то время как Сиейес и Рожер-Дюко пытались продвинуть на этот пост врага Бернадота и Клебера, бывшего интенданта Александра.