24 декабря (6 января 1918 г.) военный министр Румынии генерал Янковеску приказал трансильванцам, находившимся под Киевом, двинуться по железной дороге в Кишинев, куда они и прибыли 6 (19) января около часа ночи. Узнав об этом, Кишиневский Совет и Фронтотдел направили на вокзал войска местного гарнизона. Пытаясь предотвратить разоружение трансильванцев, руководители МНР Инкулец и Ерхан явились на вокзал уговаривать солдат молдавского полка вернуться в казармы, утверждая, что трансильванцы якобы не имеют никакого намерения бороться против революционных организаций Бессарабии, а отправляются на фронт. Но солдаты не желали их слушать. После небольшой перестрелки трансильванцы, потеряв 5 человек убитыми, были разоружены и арестованы.

Тем временем еще 4(17) января Румыния решила послать войска в Бессарабию. 5 (18) января украинские, а 6 (19) января румынские войска форсировали р. Прут и начали оккупацию Бессарабии. Направленные в Бессарабию румынские войска шли на Кишинев тремя отрядами. Один из них был задержан войсками Фронтотдела в Унгенах и выбит оттуда с большими потерями, а два других двинулись на Кишинев и к вечеру 6 (19) января прибыли к станции Гидигич. Румынские войска были встречены у Гидигича и Кожушны советскими отрядами и в два часа ночи 7 (20) января отступили в беспорядке по Страшенскому шоссе, преследуемые кавалерией, посланной Фронтотделом. Около деревни Трушены румынские части пытались свернуть на Ганчештскую дорогу, но, встреченные и здесь советским отрядом, повернули к станции Гидигич, а затем отступили в сторону Унген. В тот же день на станции Корнешты 4 эшелона румынских войск, которые сопровождал генерал Некрасов, посланный в Бессарабию в качестве уполномоченного Щербачева для того, чтобы он своим присутствием импонировал русскому населению, были окружены железнодорожным батальоном и частично взяты в плен, а частично отступили. На следующий день Некрасов и его адъютант были взяты в плен и расстреляны местным отрядом самообороны и отрядом солдат Румынского фронта.

Железнодорожный путь из Кишинева на Страшены был разобран в нескольких местах. 8 (21) января ремонтирующий его отряд 2-го железнодорожного района столкнулся с эшелоном румынских войск. В ходе разгоревшегося боя было взято в плен 40 румынских солдат, а остальные отступили в сторону Унген. Пленные румынские солдаты рассказывали, что они не знали, куда их посылало командование, «что их ловили, насильно запирали в вагоны и отправляли, не объясняя куда и зачем». В ночь на 10 (23) января на юге Бессарабии, в Болграде, ВРК 6-й армии сумел разоружить прибывшую из Галаца румынскую роту. В итоге первое румынское вторжение было отбито, а Леово, Рени, Вулканешты и Кагул освобождены. После первых побед Фронтотдел доносил Румчероду, что «армия в порядке. Опасности нет. Сила в Бессарабии наша. Национально-политические организации без исключения признали верховной властью фронта Фронтотдел. Фронтотдел послал ультиматум и протест румынам по поводу ввода войск и ликвидации ставки. Румыны отступают».

6 (19) января стало выясняться, что руководство «Сфатул Цэрий», которое на словах заявляло о непричастности к организации интервенции, на деле активно помогало румынам. На заседании президиумов местных Советов и Центрального молдавского военно-исполнительного комитета при обсуждении вопроса об интервенции стало известно, что три генеральных директора «Сфатул Цэрий» ездили в Яссы вести переговоры с румынским правительством о вступлении румынской армии в Бессарабию.