По приезде в Санкт-Петербург Бестужев потребовал реабилитации, для чего была создана специальная комиссия, в основном удовлетворившая его претензии. Соловьёв указывает на одно сильное препятствие на пути полной реабилитации Бестужева-Рюмина. Канцлер пострадал при Елизавете, а её память на фоне мрачного, беспорядочного и бесславного царствования Петра III стала чуть ли не священной. Признавать Алексея Петровича невинно пострадавшим было бы всё равно что положить хулу на правление достославной дочери Петра Великого, а делать этого Екатерине было по политическим соображениям вовсе не с руки.

Но Бестужев, получив за свои страдания материальную компенсацию, особенно настаивал именно на своём полном моральном оправдании. Свои чувства по этому поводу Бестужев изложил в письме к племяннику князю М.Н. Волконскому. Он писал, что оправдание своё считает дороже всех других милостей, оказанных Екатериной. Чувствовать себя преступником для него было самым тяжёлым моральным бременем.

И вот 31 августа 1762 года был обнародован вывешенный в храмах и других публичных местах манифест Екатерины, в котором объявлялось, что императрица из любви и почтения к Елизавете и по долгу справедливости считает нужным исправить невольную ошибку покойной императрицы и оправдать Бестужева в возведенных на него преступлениях. Текст манифеста является шедевром лицемерия и изощрённости в мастерстве сокрытия правды. Он начинался высокопарными многообещающими словами: «Граф Бестужев-Рюмин ясно нам открыл, каким коварством и подлогом недоброжелательных доведен он был до сего злополучия».

Люди, совершившие «коварство и подлог» — Трубецкой, Бутурлин, братья Иван и Александр Шуваловы, Воронцов и некоторые другие, — жили и здравствовали, их всех знали в лицо, они продолжали занимать высокие должности, и их никто не наказывал. Реабилитация их врага должна была показаться им обидной, но обида для них была теперь слишком большой роскошью.

Вина Елизаветы легко и изящно опровергалась словами манифеста: «…наша все любезнейшая тётка, императрица Елизавета Петровна, как нам самим и всему свету известно было, прозорливая, просвещённая и милосердная и притом и правосудная монархиня» всё-таки не была Богом и проникнуть в человеческие помышления не смогла, «и потому несомненно противу воли и намерения её дело к несчастию его, графа Бестужева-Рюмина до сего времени обращалося». (Получилось прямо по пословице: «Не взыщите: и на старуху бывает проруха!») И далее: «Итак, в защищение её имени и добродетелей… за истинную к ней любовь и почтение, а паче за долг христианский и монарший мы приняли: его, графа Бестужева-Рюмина, всенародно показать паче прежнего достойным покойной тётки нашей, бывшей его государыни, доверенности и нашей особливой к нему милости». Ему были возвращены «с прежним старшинством чины генерал-фельдмаршала, действительного статского советника, сенатора и обоих российских орденов кавалера с пенсионом по 20 000 рублей в год». Бестужеву было выплачено жалованье за годы ссылки, ему было возвращено конфискованное имущество, уплачены его долги в казну.

Манифест был составлен Паниным и подписан собственноручно самой государыней. Тем же манифестом Бестужев назначался «первым Императорским советником и первым членом нового, учреждаемого при дворе императорском совета».

Привилегированное положение Бестужева при дворе Екатерины выразилось даже и в том, что одной из камеристок императрицы стала Прасковья Никитишна Владиславлева, тёща главного приказчика Бестужева.