Бестужев яростно защищался, он решительно отмежевался от Бирона, и его первые показания были полны резких обвинений в адрес герцога-временщика. Однако, если верить сохранившейся записке Бирона, во время очной ставки с ним Бестужев просил прощения у него за клевету и наветы, которые возводил на него по наущению Миниха, поддавшись уверениям фельдмаршала в том, что только таким путём он спасёт себя и свою семью. «Несправедливо обвинил я герцога, — сказал Бестужев, увидев в камере Бирона, — прошу господ кригс-комиссаров взнесть слова мои в протокол: торжественно объявляю, что одни только угрозы, жестокое обращение со мной и обещание свободы фельдмаршалом Минихом, если я буду лжесвидетельствовать, могли исхитить гнусную клевету, от которой ныне отказываюсь». Кригс-комиссары попытались запутать его, но Бестужев оправдался. И Бирон, и Бестужев единодушно показывали, что главную роль в назначении Бирона регентом играл Миних, что, впрочем, соответствовало действительности.

Скоро Миниха из состава следственной комиссии исключили, и Алексей Петрович признался, что без этой меры он никогда бы не смог говорить на следствии правду. Очевидно, что всесильный фельдмаршал оказывал на ход следствия решающее значение и запугивал Бестужева тяжкими бедами, если тот будет давать неугодные ему показания. Следствие всё-таки выявило, что в установлении регентства Бирона Миних сыграл большую роль, нежели кто иной из сановников, но, как утверждал принц Брауншвейгский, следственная комиссия взяла в своих обвинениях Бестужева и Бирона такой резкий тон и зашла так далеко, что о вынесении им мягкого приговора не могло быть и речи. В одном из обвинений, предъявленных Бирону, говорилось: «Вы Бестужева всегда фаворитом имели и в Кабинет министров ввели с великим презрением и поношением прежних министров». По всей видимости, в виду имелись отставленный от должности Остерман и казнённый Волынский.

17 (по другим данным, 27) января 1741 года так называемая Генералитетская комиссия в составе графа Чернышева, Хрущова, Лопухина, Бахметева, Новосильцева, Яковлева, Квашнина-Самарина и Соковнина приговорила Бестужева-Рюмина к четвертованию. Привлечённые же к делу Бирона фельдмаршал граф Миних, канцлер и кабинет-министр князь Черкасский, шеф Тайной канцелярии генерал Ушаков, обер-шталмейстер князь Куракин, адмирал граф Головин, генерал-прокурор князь Трубецкой, обер-маршал Левенволь-де, тайные советники бароны фон Менгден и фон Бреверн и генерал-майор Альбрехт 24 апреля 1740 года от имени малолетнего Ивана Антоновича получили, как уже упоминалось выше, помилование. К каждому из помилованных можно было бы применить все или часть пунктов обвинения, предъявленных А.П. Бестужеву-Рюмину, но не применили.

Три долгих месяца, изо дня в день, ждал Бестужев-Рюмин приведения приговора в исполнение. Состояние, в котором он пребывал всё это время, может описать лишь тот, кто сам его пережил. Алексей Петрович, судя по всему, перенёс все тяготы стойко и мужественно, и никаких воспоминаний на это счёт после себя не оставил. Только в апреле ему объявили о помиловании, но лишили всех чинов, должностей, отобрали всю кавалерию и всю недвижимость. «Мстительная» правительница Анна Леопольдовна пожаловала ему, однако, на пропитание деревню в Белозерском уезде в 500 крепостных душ, куда за ним последовали жена и дети. Приказано было жить в деревне безвыездно, «смирно, ничего не предпринимая» и в дела жены или отца не вмешиваясь. Д.Н. Бантыш-Каменский утверждает, что из Шлиссельбургской крепости Бестужева «вытащили» именно князь Трубецкой и граф М.Г. Головкин.

Ссылка, однако, была непродолжительной. Слишком пристрастное отношение суда к бывшему кабинет-министру было всем, в том числе и властям, очевидно. Уже 17 октября того же года Бестужев-Рюмин неожиданно для всех появился в Петербурге и первый свой визит нанёс австрийскому министру маркизу де Ботта. Он был снова необходим тем, кто, после падения Миниха боролся с влиянием Остермана и принца Антона-Ульриха — например, вице-канцлеру по внутренним делам графу М.