Наступали новые времена, которые потребовали от НКВД трудных решений и расстрельных приговоров, много расстрельных приговоров. Генрих Ягода верно служил партии и товарищу Сталину, обрушивая «карающий меч революции» на головы ее врагов. По мере того, как товарищ Сталин все более сосредотачивал власть в своих руках, тем больше врагов революции обнаружилось в рядах самих революционеров. Ягода беспрекословно следовал линии партии и правительства, но поскольку массовые расстрелы бывших товарищей ему были не вполне по душе, работать он стал без прежнего революционного задора и огонька в глазах, так необходимого в деле зачистки государственного и партийного аппарата от всех инакомыслящих и чуждых социалистическому обществу элементов. В 1936 году он был освобожден от должности, а спустя пару лет его приговорили к расстрелу. Бывшего наркома отвезли в находящуюся неподалеку Коммунарку, на его собственный дачный участок. Там и расстреляли наркома НКВД. Нехорошо забывать своих бывших руководителей, их нужно помнить и ценить, несмотря на все ошибки, которые они совершили. Вероятно, именно поэтому бывшую дачу Генриха Ягоды было решено превратить в расстрельный полигон Коммунарка.

Начиная с 1936 года на территории лесопарка стали рыть траншеи. Это были расстрельные рвы для приговоренных к высшей мере социальной ответственности. Поздней ночью на территорию полигона заезжали небольшие, ужасно тарахтящие и грохочущие при езде грузовики, на железных листах фургонов которых были выведены чуть подстершиеся, бывшие когда-то белыми буквы «ХЛЕБ». Когда ночью кто-то из жителей соседних районов встречал на дороге такой грузовик, то сразу отходил в сторону и снимал с себя шапку. Все знали, что в этих грузовиках везут людей на расстрел.

Машина заезжала на полигон и останавливалась возле одноэтажного барака, выкрашенного грязно-желтой краской. Фургон открывали, и оттуда на улицу выходили насмерть перепуганные люди. Кто-то молился или взывал к состраданию, но в основном все молчали. Толпу заводили в барак, где сотрудники НКВД сверяли списки и оглашали приговор. Когда на улице начинало светать, двери барака открывались, и людей вели к одной из ям, где их выстраивали лицом ко рву. Кто-то из сотрудников шел и по очереди стрелял им в затылок. Те тихо сваливались в ров, а из барака выводили новую партию людей. И так до тех пор, пока четырехметровая яма не заполнялась трупами. И все это происходило под звуки вздрагивающих и тарахтящих грузовиков, в которых никогда не глушили мотор. Работающий двигатель отлично маскирует звук выстрелов.

Рекорд был поставлен в феврале 1937 года. В тот день было расстреляно более 500 человек. На полигоне скопилась целая очередь тарахтящих грузовиков, а работа была закончена только к середине дня. Расстрелять всех недолго, но ведь нужно было все по списку проверить, всех пересчитать, приговор зачитать, все это растянулось надолго. Кое-кто из жителей окрестных районов видел много лишнего, и по городу поползли тревожные слухи. Больше решили так людей не пугать и стали ограничиваться парой сотен человек в день. «Тройки НКВД» работали в те дни на износ.

По факту лесной массив был разделен на два полигона. На территории бывшей дачи Генриха Ягоды расстреливали видных деятелей, политиков, писателей и других представителей элиты и интеллигенции, а вот на Бутовском полигоне расправлялись уже с теми, кто попроще. Здесь находили свой последний приют священники, крестьяне, которые казались соседям богаче прочих, рабочие, попавшиеся на том, что таскали спирт с производства или рассказывали неправильные анекдоты, другие сотрудники НКВД, работавшие без революционного задора и должной искорки в глазах.