Опытный генерал, ветеран Первой мировой войны понял, что удержать Краснодар и растянутый берег Азовского моря, как того требовала директива фюрера, имеющимися силами (три армейских корпуса и румынские части) все равно не удастся, поэтому обратил свой взор на более узкий участок длиной около 70 км, проходивший от Новороссийска через крупные станицы Крымская, Молдаванское, Киевское и далее к плавням, выходившим к Азовскому морю. В южной части этого сектора заканчивались отроги Кавказских гор, плавно переходившие в цепь возвышенностей, а те сменялись низинами в дельте Кубани. Эта местность, во-первых, была сама по себе труднопроходимой, особенно для тяжелой техники, во-вторых, к востоку от нее начиналась заболоченная низина, которая хорошо просматривалась и простреливалась с многочисленных господствующих высот. Именно здесь уже в конце января штаб 17-й армии приказал строить главную линию обороны, которая позднее вошла в историю как «Голубая линия», «Готическая линия» или «Готическая голова». При этом главная полоса обороны закладывалась под глубину 2–3 км, местами до 5 км, а основными опорными пунктами становились расположенные на высоких местах и перекрестках дорог многочисленные кубанские станицы. К востоку и западу от главной полосы обороны Руофф приказал строить несколько промежуточных рубежей. По удачному стечению обстоятельств в распоряжении 17-й армии оказалось еще и несколько специализированных егерских и горных подразделений, которые являлись опытными профессионалами в части боев в гористой и труднодоступной местности.

Стоит отметить, что советское командование в целом и штаб Северо-Кавказского фронта (командующий генерал-полковник Иван Масленников) в частности сами облегчили немцам выполнение их задачи. В конце января основные силы СКФ (9-я, 58-я, 44-я армии и приданные им кавалерийские части) были брошены не в западном направлении, то есть к напрямую к Таманскому полуострову, а на северо-запад – преследовать отходящие части 1-й танковой армии и в направлении Ейска. Главной задачей на тот момент стало блокирование пути отхода на Ростов для 17-й армии, куда она отходить и не собиралась. Разгром же Таманской группировки был поначалу возложен на войска левого крыла фронта и части Черноморской группы войск (47-я, 56-я, 18-я и 46-я армии) во взаимодействии с Черноморским флотом. Кроме того, штаб СКФ был почему-то на 100 % уверен, что противник не собирается долго оборонять Кубань, а лишь создает условия для планомерного вывоза всех своих войск и техники в Крым. Причем это заблуждение царило у советского командования даже спустя два месяца, когда сражение приняло ожесточенный и затяжной характер.

Пока шли бои в районе Краснодара, Черноморская группа войск Закавказского фронта (5 февраля объединена с Северо-Кавказским фронтом) совместно с Черноморским флотом начала операцию по овладению Новороссийском. Ее замысел состоял в том, чтобы высадить морской и воздушный десант в районе Южной Озерейки (к юго-западу от города), а затем одновременными ударами 18-й десантной армии (18-й ДА) со стороны черноморского побережья и 47-й армии к востоку от Новороссийска окружить и уничтожить части 5-го армейского корпуса. После этого советские войска должны были продвигаться в общем направлении на Темрюк и Тамань с тем, чтобы отрезать остальным частям 17-й армии отход к портам и не дать ей переправится в Крым. При этом с целью дезориентации противника и распыления его сил непосредственно в окрестностях Новороссийска (в районе Станички) предполагалась высадка вспомогательного (или отвлекающего) морского десанта.