Детальное обсуждение первой фазы состоялось 2 мая 1958 года в Штабе ВВС. По его итогам было принято решение о создании ракеты «Тор-117Л» («Thor-117L») на базе баллистической ракеты среднего радиуса действия «Тор» и разрабатываемой ракетно-транспортной системы «117Л» («Атлас-Аджена»). Специалисты заверяли, что если все пойдет по плану, то фаза «Человек в космосе за кратчайший срок» может быть завершена к октябрю 1960 года.

Тем временем конструкторы авиационных компаний «Авко» и «Конвейр» объединились, чтобы разработать новый проект пилотируемого спутника. Теперь они предложили еще более простую схему. Согласно их новому проекту, ракета «Атлас» должна была доставить обитаемую капсулу весом 900 килограммов на низкую орбиту, сход с которой осуществлялся при помощи тормозного парашюта.

Проект рассматривался в Управлении баллистических систем. Было показано, что новая космическая система не дает заметного преимущества по времени — всего лишь 3 или 4 месяца. При этом схема не предусматривала возможности катапультирования пилота в случае какого-либо сбоя при старте, что могло привести к его гибели.

К концу июня стало ясно, что программа, предложенная ВВС, намного превосходит по проработанности все, что успели сделать в этом направлении другие ведомства. Однако создание «гражданской» космической организации НАСА перечеркнуло планы военно-воздушных сил. 1 сентября 1958 года президент Эйзенхауэр своим указом возложил ответственность за осуществление космической программы на Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства и присвоил этой программе высшую категорию срочности: «Д-Икс». Злые языки поговаривают, будто бы американский президент был противником идеи пилотируемых полетов и сознательно отказался от услуг ВВС, опасаясь, что это могущественное ведомство сумеет развернуть на основе проекта «Человек в космосе» свой долгосрочный план, тогда как в НАСА по реализации этого проекта дальнейшие работы в области пилотируемой космонавтики будет легко свернуть.

Так или иначе, но еще целый месяц у специалистов НАСА ушел на то, чтобы подготовить конечный вариант проекта «Человек в космосе»; только с середины декабря программа подготовки запуска пилотируемого спутника стала официально называться «Меркурий» («Mercury»).

Фактически это был проект, отобранный Главным управлением по научно-исследовательской работе, которое занималось координацией работ по космической программе, пока в Конгрессе обсуждался новый закон о космическом агентстве. 7 октября доктор Кит Гленнан, первый директор НАСА, утвердил этот проект.

С первых же дней своего существования Национальное космическое агентство активно эксплуатировало наработки предшественников. В проекте «Меркурий» можно увидеть элементы проектов Вернера фон Брауна, и военно-воздушных сил, и НАКА. Это и понятно, ведь НАСА были переподчинены не только отдельные коллективы, но и целые отрасли, принадлежавшие ранее этим ведомствам.

Авторство, впрочем, приписывают сотруднику НАКА Максу Фагету, который еще в 1957 году разработал эскизный проект космического корабля для суборбитального полета (с помощью ракеты «Редстоун») и орбитального полета (с помощью ракеты «Атлас»). А основная нагрузка по проектированию и созданию космического корабля была возложена на авиационную компанию «Макдоннелл»; она заполучила этот выгодный контракт, обойдя в последний момент главного конкурента — фирму «Грумман» («Grumman»).

Работа над проектом закипела, начался отбор в отряд будущих астронавтов. Однако триумфального восшествия на космический Олимп не получилось. Задачка оказалась посложнее, чем думали конструкторы НАСА. В заявленные сроки (а первый запуск капсулы с пилотом на орбиту, согласно программе «Меркурий», должен был состояться в первой половине 1960 года) американцы не уложились.