Предполагалось, что неуправляемая баллистическая ракета «Д-1», обладающая стартовым весом 1100 килограммов, включая боеголовку весом 200 килограммов, будет иметь дальность полета в пределах 12–13 километров, а крылатая управляемая ракета «Д-2» стартовым весом 1200 килограммов сможет доставить такую боеголовку на расстояние 20–70 километров.

В письме заместителю наркома от 14 октября 1944 года Королев предлагает организовать работы по ракетам дальнего действия непосредственно в Казани: «…реорганизовать бюро реактивных установок завода № 16 (группа инженера С. П. Королева) в Специальное бюро, создать необходимую экспериментальную и производственную базу». Здесь же намечаются контуры будущей кооперации Спецбюро по изготовлению деталей и узлов ракет, разработке и изготовлению приборов автоматического управления, пороховых шашек крупного размера, кооперация с бывшим РНИИ по научным исследованиям. Позднее поднимался вопрос и об организации Спецбюро по ракетам дальнего действия в Москве.

Окончание войны внесло свои коррективы. В августе 1945 года, после завершения работы Потсдамской конференции, заместитель наркома вооружений Василий Рябиков сформировал Межведомственную техническую комиссию для изучения трофейной ракетной техники. Из сотрудников «Ракеты» было образовано несколько групп, три из которых возглавили генералы Лев Гайдуков, Александр Тверецкий и Андрей Соколов. После формирования группы отбыли в Германию и приступили к сбору документации и изучению техники в Берлине, Тюрингии и Пенемюнде. Через месяц по представлению Рябикова выехал в Германию и Сергей Королев.

Помимо Германии, разрозненные коллективы исследователей осели в Польше, Австрии и Чехословакии. Объем работ оказался поистине необъятным, и с целью повышения эффективности изучения сложной техники в марте 1946 года было решено образовать на территории ракетного центра Пенемюнде единую научную организацию — институт «Нордхаузен». Возглавил этот институт генерал Лев Гайдуков. Своим заместителем и главным инженером он назначил Сергея Королева.

13 мая 1946 года по итогам работы института «Нордхаузен» было принято постановление ЦК ВКП(б) и Совета Министров СССР о развитии реактивной техники в стране. Министерство вооружений, возглавляемое главным «артиллеристом» страны генералом-полковником Дмитрием Федоровичем Устиновым, определено головным по разработке и производству баллистических ракет дальнего действия и зенитных управляемых ракет. Были созданы Главные управления по реактивной технике в ряде министерств, а также Управления реактивного вооружения в ГАУ Советской Армии и в Военно-Морском Флоте. Начальником управления реактивного вооружения Главного артиллерийского управления назначен генерал-майор инженерно-технической службы Андрей Соколов.

В постановлении от 13 мая 1946 года было отмечено, что работы, выполняемые министерствами и ведомствами по ракетному вооружению, контролируются Специальным Комитетом по реактивной технике. Никакие учреждения, организации и лица, без особого разрешения Совета Министров, не имеют права вмешиваться в процесс создания ракетного оружия. Этим же постановлением было определено, что головными по разработке и производству ракетного вооружения являются Министерство вооружений (ракеты на жидком топливе), Министерство сельскохозяйственного машиностроения (пороховые ракеты) и Министерство авиационной промышленности (реактивные самолеты-снаряды).

16 мая 1946 года приказом министра вооружений Дмитрия Устинова на базе артиллерийского завода № 88 (расположенного неподалеку от подмосковной станции Подлипки) был создан сверхсекретный Научно-исследовательский институт № 88 Министерства вооружений СССР (НИИ-88).