По мере того как Боливара оставляли старые товарищи по оружию, его оставляли и физические силы. Чахотка, которая скоро сведет его в могилу, быстро подтачивала этот некогда железный организм.

15 января 1830 года Боливар возвратился из Эквадора в Боготу, где должен был собраться новый учредительный конгресс Великой Колумбии, призванный решить будущую форму правления республики.

Один из очевидцев так описывает въезд Боливара в столицу Колумбии: «Можно утверждать, что каждый, у кого была лошадь или кто мог ее раздобыть, выехал встречать Боливара. Балконы, окна и крыши были полны народу. Но вся эта огромная толпа вела себя сдержанно. Артиллерийские залпы и колокольный звон не вызывали восторга. Инстинкт подсказывал народу, что это торжество было в действительности похоронами Великой Колумбии, а не победным возвращением ее овеянного славой Освободителя. Наверное, его самые злобные враги были растроганы этим грустным зрелищем. Когда появился Боливар, кое-кто заплакал. Изможденный, с потухшими глазами и хриплым голосом, Боливар всем своим видом вызывал глубокое сострадание и как бы предвещал гибель плоти и близкое начало своего бессмертия».

Боливар направил конгрессу послание, в котором отказывался от поста президента и просил установить сильную исполнительную власть.

«Стране нужен новый президент, — писал Боливар. —  Народ желает знать, перестану ли я когда-либо править им. Американские государства смотрят на меня с некоторым недоверием, что может вызвать новые беды, подобные войне с Перу. Располагайте же должностью президента республики, которую отдаю в ваши руки с сегодняшнего дня. Я всего лишь вооруженный гражданин, готовый защищать родину и подчиняться правительству. К стыду моему, я должен признаться, что независимость — единственное достижение, которого мы добились за счет всех остальных благ».

Анархия в стране разгоралась все с большей силой. Усиливались волнения в войсках, Боливар сменил свой кабинет, состоявший из сторонников монархии, и назначил на министерские посты только новогранадцев. Но это не успокоило его противников. Враждебная Освободителю печать продолжала требовать его изгнания и возвращения к власти Сантандера. Не было такой грязной клеветы и обвинения в адрес Боливара, которые не появлялись бы ежедневно на страницах боготанских газет. «Боливар не выиграл ни одного сражения», «Боливар ни разу не был под пулями», «Боливар во время сражения при Бояке мирно завтракал в Тунхе», «Боливар дезертировал из Венесуэлы», «Боливара выгнали из Перу», «Боливар из зависти к славе Пиара убил его», «Объявив войну насмерть, Боливар подтвердил только свою кровожадность», «Освободить Колумбию от Освободителя!» — таковы были заголовки статей, авторы которых действовали безнаказанно, ибо «кровожадный диктатор» уважал свободу печати.

Но если враги Боливара в Боготе не стеснялись поливать его грязью, то легко вообразить, как действовали его противники в Каракасе. Здесь нападки на Боливара достигли предела. Венесуэльский конгресс по наущению Паэса, всего год тому назад клявшегося в верности Боливару, теперь объявил Освободителя «предателем родины, честолюбцем, губителем свободы» и изгнал его навсегда из страны.

Казалось, что большинство нового конгресса, собравшегося в Боготе, — сторонники Боливара. Председателем конгресса был избран Сукре. Хотя было ясно, что Боливар по состоянию здоровья, которое с каждым днем заметно ухудшалось, и ввиду враждебного отношения большинства населения должен расстаться с властью, конгресс не принимал его отставку, но и не подтверждал его в должности президента.