Высшие государственные органы управления в России XVI века имели вполне определённую структуру, обусловленную определёнными исполнительскими компетенциями. Первое место во главе правительственных органов отводилось Боярской Думе^^"·, где сосредоточивались законодательные, административные и внешнеполитические функции. Само понятие очень древнего происхождения.

Первоначально обозначало совещательный орган при князе, носила название «княжеская дума », куда входили родственники князя, старшие дружинники, представители духовенства, городские старшины и др., а в XIV веке становится совещательным органом бояр при князе.

Без думы не обходился ни один государь, не исключая и Иоанна Грозного. Самостоятельной роли Боярская Дума не играла, она всегда действовала вместе с Царём, составляя совместно с государем единую верховную власть. Это единство особенно рельефно проявлялось в делах законодательства и в международных отношениях. По всем делам выносилось решение в следующей форме: «Государь указал и бояре приговорили» или «По государеву указу бояре приговорили».

Знаток предмета, известный историк С. Б. Веселовский (1876–1952) в этой связи написал: «Ввиду распространённых представлений о Боярской думе как учреждении следует напомнить, что у дворян, которых Царь “пускал”, или жаловал, к себе в думу, то есть в “советные люди”, не было ни канцелярии, ни штата сотрудников, ни своего делопроизводства и архива решённых дел. Царь по своему усмотрению одних думцев назначал на воеводство в крупнейшие города государства... других отправлял послами в иноземные государства, иным поручал, “приказывал” какое-либо дело или целую отрасль управления, наконец, некоторых оставлял при себе в качестве постоянных советников по текущим вопросам государственного управления. Так, можно сказать, что думный чин служилого человека свидетельствовал не о действительных служебных заслугах его, а об уровне, на котором он находился в среде правящих верхов государства Боярская Дума просуществовала до конца XVII века и позднее была преобразована в Сенат.

В Боярской Думе председательствовал Государь; заседали бояре, окольничие, думные дворяне, некоторые другие должностные лица^^^. По отношению к Верховному правителю Дума имела только совещательное значение.

Вслед за Думой по степени значения следовали приказы^^^ начавшие возникать в первой половине XVI века. Приказы действовали на постоянной основе, имели свой штат служащих, собственные помещения (палаты) в Москве и некоторых других городах. Начальниками приказов являлись сановники различных рангов, назначавшиеся Государем; делопроизводством в приказах заведовали дьяки и подьячие. Существовали приказы центральные, ведавшие определённой государственной отраслью, и областные, деятельность которых ограничивалась неким территориальным пространством.

Происходила во времени трансформация Великокняжеского дворового управления и чинов. При Иоанне III появилась: московские и городовые дворяне, городовые дети боярские, постельничий, спальники, сокольничий, ясельничий. При Василии III: оружничий, кравчий, стряпчий, жильцы («дворовые дети боярские»). При Иоанне Грозном: бояре земские и опричные, дворяне думные, дворяне большие, дворяне первой статьи, дворяне второй статьи, дворяне сверстные, дети боярские второй статьи. Следует особо отметить, что при Фёдоре Иоанновиче появился новый титул — «ближний великий боярин», которым был награждён Борис Годунов и который никому больше не жаловался.