Пока фризские «пилигримы» и рыцари Храма были заняты осадой и штурмом Нильской башни, под Дамьетту с новым войском крестоносцев, в качестве представителя папы Гонория, прибыл кардинал-легат Пелагий. Сразу же после высадки он высказал притязания на верховное командование всем Крестовым походом, на том основании, что это дело рук папы и потому должно возглавляться его представителем. К несчастью для паломников, он вообразил себе, что его духовный сан делает его способным вырабатывать окончательные решения по вопросам стратегии и военного руководства. Ради проведения в жизнь своих решений он не боялся даже угрожать церковным отлучением. Несчастливое для латинян завершение этого Крестового похода объясняется, не в последнюю очередь, действиями этого честолюбивого, но неспособного князя Церкви. А ведь поначалу Крестовым походом руководил доблестный король Иерусалимский, Жан де Бриенн, отличавшийся, кроме подлинных полководческих способностей, еще и выдающейся храбростью.

Город Дамьетта, в соответствии со своим значением «входной двери в Египет», был защищен венцом мощных стен и двенадцатью оборонительными башнями. Окружавший его заполненный водой ров был настолько широким, что по нему могли передвигаться даже морские корабли. Бой за город с переменным успехом шел в течение нескольких месяцев. Вслед за акцией нападающих следовало ответное нападение защитников города или султана, пытавшегося оказать помощь своему осажденному городу. При этом христианское войско не раз попадало в весьма опасное положение, из которого его выручали только храбрость короля, орденских рыцарей и многих других рыцарей-крестоносцев. При этом тамплиеры потеряли только убитыми 50, иоанниты — 32 рыцаря, не считая своего Маршала, а «немецкие господа» (тевтонские рыцари) — 30 членов своего Ордена.

При завоевании города имели место сцены невероятной жестокости. Все жители, за исключением небольшого их числа, которому удалось спастись, были убиты. Маленьких детей передавали в руки духовенства, чтобы окрестить их и воспитать в духе служения Церкви. Это был, несомненно, довольно своеобразный метод увеличивать число христиан, но и мусульмане в сходных случаях действовали аналогично, пополняя за счет христианских мальчиков ряды своих отборных войск — египетских мамелюков, а позднее — турецких янычар. Между завоевателями вспыхнули кровавые распри из-за захваченных в городе сокровищ и богатств. Положить им конец удалось лишь благодаря вмешательству короля Жана, иоаннитов и тамплиеров. Вновь проявилась также давняя вражда между кардиналом Пелагием и королем Жаном. И тот, и другой предъявили претензии на владение городом. В конце концов, окончательное решение было оставлено за папой или римско-германским императором Фридрихом II, прибытие которого ожидалось в скором времени.

Эти первоначальные успехи весьма позитивно сказались на положении «латинян», тем более, что вскоре удалось захватить также г. Танис на озере Менсалех, нынешний Порт-Саид. Крестоносцы предавались иллюзиям, что судьба ислама на Ниле уже решена, а господство Креста там полностью гарантировано. В действительности же они сделали всего лишь первый шаг, поскольку им по-прежнему противостоял султан со своими войсками, которые могли быть дополнительно усилены многочисленными воинскими контингентами братьев султана. Вопрос был окончательно решен, когда предводители войска крестоносцев поддались давлению кардинала-легата и решили завоевать Каир и покорить другие египетские земли. Султан, который до той поры путем обходных маневров избегал прямых военных столкновений, понял, что пробил час нанести поражение христианам.