Двор боярина Морозова в Кремле был разгромлен. При этом никто из погромщиков не позарился на богатство боярина. «То наша кровь» — кричали москвичи и бросали боярское добро в огонь. Восставшие не застали самого Морозова в его великолепном дворце, хозяин скрылся в царских палатах в Коломенском, но обнаружили там его молодую жену. По словам Олеария, они якобы заявили насмерть перепуганной боярыне: «Не будь ты сестра Великой княгини (т. е. Царицы. — А. Б.), мы бы изрубили тебя на мелкие куски».

Вслед за этим восставшие разорили двор думного дьяка Назария Чистого, возглавлявшего Посольский приказ. Сам хозяин был убит ударом дубины, а тело его брошено в выгребную яму. Плещеев был приговорен по царскому указу к казни, но народ забил его насмерть как только того вывели на площадь. Триханиотов при начале беспорядков захотел скрыться из Москвы, но его настигли по царскому указу в двенадцати верстах от столицы, вернули обратно, и толпа растерзала его на Красной площади.

Московские стрельцы, кроме наиболее приближенного к Царю Стремянного полка, отказались подчиняться власти. Разгрому подверглись дворы Траханиотова, Плещеева, а также князей Н. И. Одоевского, Л. М. Львова, дьяка Г. Ларионова, купца В. Шорина; считается, что около семидесяти дворов 2–4 июня 1648 года было уничтожено в Москве.

В довершение всех бед в этот же день в Москве вспыхнул сильный пожар, в результате которого выгорели улицы Петровка, Дмитровка, Тверская, Никитская, Арбат, Чертолье. Положение в городе сложилось катастрофическое.

Царь, по требованию бушующей многотысячной толпы, вынужден был удалить своего любимца; Морозов был выслан в Кирилло-Белозерский монастырь, где он пробыл несколько недель. Ссылка не изменила дружеского отношения Алексея Михайловича к Морозову, которого он вскоре возвратил в Москву. Однако Морозов не занимал больше официального положения во внутреннем управлении потому, что Царь хотел выполнить данное народу обещание. Несмотря на это, Морозов все время находился при Царе, во время военных походов он неизменно получал высшее военное назначение.

Избежал расправы и царский тесть Илья Данилович Милославский, скрывшийся в царских хоромах, который хоть и сохранил свой общественный статус, но к делам управления допускаем не был. Алексей Михайлович вообще был невысокого мнения о своем родственнике и довольно пренебрежительно всегда называл его просто «Ильей»; так, по имени, обращались обычно к дворне.

В результате Соляного бунта правительство пошло на уступки, объявив об отсрочке взимания недоимок и о созыве Земского Собора. Стрельцам выдали по 8 рублей каждому. Царь лично руководил усмирением бунта, обращаясь к своим подданным с «увещеванием» за «непохвальное поведение».

События июня 1648 года оставили неизгладимый след и в памяти Царя, и в памяти народной. Это — первое за много лет городское восстание в Москве, перевернувшее обычный ход вещей, утвердившийся еще при Царе Михаиле Федоровиче. В день наивысшего подъема выступления против произвола власть имущих, 2 июня, даже казалось, что все катится в тартарары. Власть государственная была деморализована и парализована, стрельцы вышли из подчинения, все были в растерянности и испуге. Даже Патриарх (1642–1652) Иосиф. Потрясеный народной стихией, он как бы потерял дар речи, и не попытался утихомирить разбушевавшиеся толпы. Лишь одна фигура не подвергалась в тот момент шельмованию в среде народной — Царя Православного.

Для Алексея Михайловича те события стали тяжелым испытанием и горьким уроком. Ему пришлось в свои девятнадцать лет в один миг повзрослеть, стать самостоятельным.