Явившись в лагерь под Кромы, Катырев и Басманов привели полки к присяге. Патриарх Иов по немощи не мог покинуть Москву, и поэтому церемонией присяги руководил новгородский митрополит Исидор — второе в церковной иерархии лицо. Никто не оказал воеводам открытого неповиновения. Но по свидетельству русских летописей, некоторые ратные люди в общей сутолоке уклонились от церемонии крестоцелования. В Москве церковное руководство оказало немалую помощь новому царю, но на действующую армию влияние духовенства не распространялось. Бояре поспешили выпроводить Исидора из лагеря под Кромами, едва закончилась присяга¹⁸.

После смерти Бориса вопрос о единстве в думе и высшем военном командовании приобрел первостепенное политическое значение. В свое время Годунов, питавший особое доверие к бывшему опричнику князю Андрею Телятевскому, приставил его к Мстиславскому в качестве помощника. Попытка подчинить большой полк Телятевскому вызвала негодование многих воевод. После того как царевич Федор отозвал в Москву Ф. И. Мстиславского и В. И. Шуйского, большой полк фактически перешел в распоряжение Телятевского: «…воем же начальницы осташася князь Ондрей Телятевской…»¹⁹

Вмешательство Семена Годунова, главы сыскного ведомства, в дела Разрядного приказа привело к полной неразберихе в полках. После отъезда П. Ф. Басманова под Кромы Семен Годунов настоял на назначении князя А. А. Телятевского главным воеводой сторожевого полка, что доставило тому большие местнические преимущества. Новый главнокомандующий князь М. П. Катырев привез под Кромы одну роспись, а через три дня в лагерь прибыл гонец с новым Разрядом, не согласованным ни с Катыревым, ни с Басмановым. Разрядные дьяки утверждали, будто новый государь ничего не знал о втором Разряде. По их словам, «тое-де роспис, как бояром и воеводам велено быть по полком, послал Семен Годунов для зятя своево князя Ондрея Телятевского, а царевич-де князь Федор Борисович тое росписи не ведает»²⁰.

Вмешательство сыскного ведомства посеяло раздор среди воевод, на которых династия возлагала наибольшие надежды. П. Ф. Басманов с головой погрузился в местническую тяжбу с А. А. Телятевским. Воевода полка левой руки 3. И. Сабуров отказался подчиняться М. П. Катыреву и отослал ему полковые списки «для того, не хотечи быть менми князя Ондрея Телятевского». К тому же второй воевода, полка правой руки князь М. Ф. Кашин-Оболенский «бил челом на Петра Басманова в отечестве, и на съезд не ездил, и списков не взял»²¹.

В армии назревал заговор, и местнические распри способствовали его успеху. Думой заговора были братья Голицыны. Свой род князья Голицыны вели от литовской великокняжеской династии. По знатности они превосходили главу Боярской думы Ф. И. Мстиславского — потомка младшей линии литовской династии. Но к концу XVI в. местническое положение Голицыных пошатнулось. Попытки тягаться с Трубецкими и Шуйскими закончились для них полной неудачей²². После смерти царя Федора Ивановича Голицыных не было среди претендентов на трон. Кончина Бориса Годунова пробудила в них честолюбивые надежды. Положение династии стало непрочным, и Голицыны первыми из бояр покинули ряды ее сторонников.

Некоторые летописи причисляли к числу организаторов заговора воеводу боярина М. Г. Салтыкова²³. Однако очевидец мятежа Яков Маржарет утверждал, что М. Г. Салтыков был захвачен изменниками.