Бывшие сподвижники Годуновых по опричнине рассчитывали на то, что утверждение новой династии перевернет вверх дном устоявшуюся систему местнических отношений, но их надежды не оправдались. Когда Пушкины дерзко заместничали с «великими» Морозовыми-Салтыковыми, их сразу одернули и наказали⁶.

Годунов получил трон вопреки воле боярских верхов, и потому поводов к раздору и взаимным подозрениям было более чем достаточно. Многие аристократические семьи, открыто боровшиеся за власть либо тайно помышлявшие о короне, не считали свое дело окончательно проигранным. Особые надежды они возлагали на недолговечность Бориса, удрученного старостью и болезнями.

В конце 1599 г. царевич Федор известил монахов Троице-Сергиева монастыря о том, что его отец недомогает и не сможет прибыть на богомолье. В 1600 г. здоровье Бориса резко ухудшилось. Польские послы, прибывшие в Москву осенью 1600 г., записали в дневнике, что русским властям не удалось сохранить в тайне болезнь царя и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. Для обсуждения сложившейся ситуации была спешно созвана Боярская дума, после чего Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь, чтобы показать народу, что он еще жив⁷.

Польским послам пришлось задержаться в Москве. Причиной тому, отмечал француз Яков Маржарет, была болезнь Бориса. Она тянулась долго: после заключения перемирия в марте 1602 г. Борис не смог проститься с польскими послами «за болезнью»⁸.

Ввиду близкой кончины Бориса возобновление борьбы за трон казалось неизбежным. Польские послы, наблюдавшие развитие кризиса, утверждали, будто у Годунова было очень много недоброжелателей среди подданных; число строгостей против них росло ото дня ко дню, но гонения не спасли положения. «Не приходится сомневаться, — писали поляки, — что в любой день там должен быть мятеж»⁹.

Кризис породил ряд сыскных дел о боярской измене. Подозрения пали на представителей ряда самых аристократических фамилий.

В государственном архиве хранилось «дело доводное — извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Янко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле»¹⁰. Царь Борис тяжело болел, и в это самое время боярские холопы донесли ему, что Шуйский наводит на него порчу с помощью «коренья» и колдовства. О «деле» Шуйских бегло упоминает опись царского архива 1626 г. Имеются основания предполагать, что после «Смуты» сохранился лишь небольшой фрагмент судного дела об измене Шуйских.

Свидетель происшедшего дьяк Иван Тимофеев отметил, что при царе Борисе Шуйские подверглись всеродному бесчестью. В угоду царю Борису и ради получения сана «чести», повествует Иван Тимофеев, Михалка Татищев всеродно бесчестил Василия Шуйского, «даже и до рукобиения всеродно той досаждая». Дело И. И. Шуйского имело место в 1599–1600 (7108) гг. М. И. Татищев получил от царя Бориса чин думного дворянина к февралю 1599 г. Отмеченное совпадение косвенно подтверждает рассказ Тимофеева. О гонениях на Шуйских сообщают не только русские, но и иностранные источники. Француз Я. Маржарет, поступивший на службу ко двору Бориса как раз в 1600 г., сообщает, что царь подозревал Шуйских более всех остальных и многих подвергал пытке только за то, что они навещали Шуйских в их доме¹¹.